服务器离线安装gromacs5.0.7详细教程

预安装

需要gcc、g++、gfortran的编译环境。如果服务器还没有安装，可以挂载centOS镜像文件自制软件源。然后：

sudo yum install gcc
sudo yum install gcc-c++
sudo yum install gfortran

编译安装cmake

安装gromacs5.0.7时需要用cmake编译。cd到cmake安装包所在的路径。依次执行以下指令：

tar -xvf cmake-3.12.1.tar.gz   #解压安装包
cd cmake-3.12.1

./bootstrap --prefix=/home/softwares/cmake-3.12.1  #指定安装路径

make
make install   #用make编译安装cmake

然后设置系统环境变量

vi ~/.bashrc

在文末添加

PATH="$PATH:/home/softwares/cmake-3.12.1/bin/:." 

不要忘记source ~/.bashrc

最后可以用which cmake检测一下cmake是否安装成功。

编译安装openmpi

为了能够并行运行gromacs5.0.7，需要安装openmpi。

cd到openmpi软件包所在的目录，再依次执行以下命令：

tar -xzvf openmpi-3.1.1.tar.gz    #解压安装包
cd openmpi-3.1.1

./configure --prefix=/home/softwares/openmpi-3.1.1   #指定安装路径

make -j 8     
make install    #编译安装

设置系统环境变量

vi ~/.bashrc

文末添加

export PATH=$PATH:/home/theqmy/softwares/openmpi-3.1.1/bin 
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/home/theqmy/softwares/openmpi-3.1.1/lib 

source ~/.bashrc

最后可以用which mpirun检测一下openmpi是否安装成功。

编译安装fftw3

fftw3是gromacs必须的数学运行库，在线安装groamcs的时候可以自动安装fftw3。因为服务器没有连外网，需要手动编译安装。

先cd到安装包所在目录，再依次执行以下命令：

tar -xvf fftw-3.3.8.tar.gz    #解压安装包
cd fftw-3.3.8

./configure --prefix=/home/softwares/fftw-3.3.8 --enable-float --enable-shared  --enable-sse2   #设定安装路径及其他一些乱七八糟的功能

make
make install  #编译安装

设置系统环境变量

vi ～/.bashrc

文末添加

export CMAKE_PREFIX_PATH=/home/softwares/fftw-3.3.8   
export CPPFLAGS=-I/home/softwares/fftw-3.3.8/include   
export LDFLAGS=-L/home/softwares/fftw-3.3.8/lib   

source ~/.bashrc

编译安装gromacs

最后安装gromacs5.0.7。cd到安装包所在目录，依次执行以下命令：

tar xfz gromacs-5.0.7.tar.gz   #解压
cd gromacs-5.0.7
mkdir build
cd build

cmake .. -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/home/theqmy/softwares/gromacs-5.0.7 -DFFTWF_LIBRARY="/home/softwares/fftw-3.3.8/lib/libfftw3f.so" -DFFTWF_INCLUDE_DIR="/home/softwares/fftw-3.3.8/include/" -DGMX_MPI=on     #指定安装路径，fftw库的路径，及是否并行

make -j 8
make install     #编译安装

设置系统环境变量

vi ～/.bashrc

文末添加

source /home/theqmy/softwares/gromacs-5.0.7/bin/GMXRC

source ~/.bashrc

最后可以用gmx_mpi检测是否安装成功。

附上需要的安装包

链接: https://pan.baidu.com/s/1xct7KYwpZV4P1gtFT9RHsQ 提取码: 83tf