可能性之兽
可能性之兽

Bam文件的修改

修改bam文件其中一部分代码如下

samtools view possorted_bam.bam -h | sed -n "s/你要修改的/你修改后的/g" | samtools view -b > result.bam

samtools view $x.bam -h | sed -e 's/BX\:Z\:/BX:Z:OLD00$i/g'|samtools view -b > $x.new2.bam

注意前面的处理之中有个h，这个一定要加

这是因为bam文件格式需要header，在将sam结果转化会bam格式必须要有，所以前面不加后面修改完重新转换为bam就会报错

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