12 STRING蛋白互作数据库

String网址：https://string-db.org/
STRING数据库是一个研究蛋白质之间相互作用的数据库，这种作用既包括蛋白质之间直接的物理的相互作用，也包括蛋白质之间间接的功能相关性
除了实验数据外，STRING还包括了利用其它生物信息学方法预测得到的结果。该系统利用一个打分机制给予这些信息一个权重，并给出一个综合的打分。

STRING数据库

点击SEARCH后会跳转到一个检索界面

检索界面

在这个界面，我们可以使用蛋白的名称或序列对我们需要的蛋白质进行检索，也可以对多个蛋白或序列进行检索（见上图左侧边栏）。下方的Organism文本框支持自动补全，如键入homo s就会自动识别为Homo sapiens。
点击SEARCH就可以开始检索了。

STRING检索结果

以TP53为例，第一个候选项即为我们要找的蛋白。点击CONTINUE就可以显示该蛋白的互作信息。

互作信息

如图，STRING已经显示了TP53与其他蛋白之间的互作关系。点击图像中的节点可以显示基因的详细信息。

基因信息

下方的按钮提供了一些设置、分析的功能以及信息的说明。

• Viewers：更改图形的样式
• Legend：提供节点、边、蛋白质及其得分等信息
• Settings：对于图形的设置，可以调整边的含义，按得分筛选节点，定制图形的样式、修改图片格式等。修改完成后点击UPDATE更新。
• Analysis：这部分包含两块内容，一块是网络的统计数据，包括边和节点的数量等，另一块是对于网络的各种富集分析的结果，这些结果均可下载（在页面的最底部）。
• Export：以特定格式导出网络，包括图像、表格、XML等，既可以生成可直接使用的结果，也可以导入其他软件（如Cytoscape）进行处理。
• Cluster：对网络中的所有节点进行聚类，支持K-Means和MCL两种聚类方式。