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今天推文模仿的图片是来自于论文 Landscapes of bacterial and metabolic signatures and their interaction in major depressive disorders。有读者在公众号的后台留言问 论文中Figure2中的A图如何实现
image.png
今天的推文就介绍一下，因为A图的数据较多，我们来模仿B图，过程其实是一样的
image.png
- 左边两幅图是柱形图叠加误差线还叠加了散点图
- 最右侧的图可以用一个热图来画
首先构造柱形图的数据集
最左边的屁股朝右的柱形图还是第一次画，查了一下可以借助
scale_y_reverse()函数实现
set.seed(1234)
x<-seq(5,10,by=0.5)
df<-data.frame(`s__Klebsiella_phage_vB_KpnP_SU552A` = sample(x,10,replace = T),
`s__Escherichia_phage_ECBP5` = sample(x,10,replace = T),
`s__Clostridium_phage_phi8074-B1` = sample(x,10,replace = T),
check.names = F)
head(df)
image.png
宽格式转换为长格式
df%>%
reshape2::melt() -> df1
分组求均值和标准差
library(dplyr)
df%>%
reshape2::melt()%>%
group_by(variable)%>%
summarise(mean_value=mean(value),
sd_value=sd(value)) -> df2
柱形图叠加误差线和散点图
ggplot()+
geom_col(data=df2,aes(x=variable,y=mean_value),
fill="#8babd3",
color="black")+
geom_errorbar(data=df2,aes(x=variable,
ymin=mean_value-sd_value,
ymax=mean_value+sd_value),
width=0.2)+
geom_jitter(data=df1,aes(x=variable,y=value),
width = 0.2,color="grey")
image.png
接下来就是调整坐标轴，让屁股朝右
ggplot()+
geom_col(data=df2,aes(x=variable,y=mean_value),
fill="#8babd3",
color="black")+
geom_errorbar(data=df2,aes(x=variable,
ymin=mean_value-sd_value+0.001,
ymax=mean_value+sd_value),
width=0.2)+
geom_jitter(data=df1,aes(x=variable,y=value),
width = 0.2,color="grey")+
#scale_y_continuous(expand = c(0,0))+
theme_bw()+
coord_flip()+
scale_y_reverse(expand=c(0,0),
position="right")+
labs(x=NULL,y=NULL)
image.png
第二个柱形图也直接用这个数据画了
ggplot()+
geom_col(data=df2,aes(x=variable,y=mean_value),
fill="#ffc080",
color="black")+
geom_errorbar(data=df2,aes(x=variable,
ymin=mean_value-sd_value+0.001,
ymax=mean_value+sd_value),
width=0.2)+
geom_jitter(data=df1,aes(x=variable,y=value),
width = 0.2,color="grey")+
scale_y_continuous(expand = c(0,0),
position = "right")+
theme_bw()+
coord_flip()+
labs(x=NULL,y=NULL)+
theme(axis.text.y = element_blank(),
axis.ticks.y = element_blank())
image.png
接下来是构造最右侧的热图数据
df3<-data.frame(x="A",
y=c("s__Klebsiella_phage_vB_KpnP_SU552A",
"s__Escherichia_phage_ECBP5",
"s__Clostridium_phage_phi8074-B1"),
group=c("f__Siphoviridae",
"f__Podoviridae",
"f__Podoviridae"))
ggplot(df3,aes(x=x,y=y))+
geom_tile(aes(fill=group),show.legend = F)+
labs(x=NULL,y=NULL)+
scale_x_discrete(expand = c(0,0))+
scale_y_discrete(expand = c(0,0))+
theme(panel.background = element_blank(),
axis.ticks = element_blank(),
axis.text = element_blank())+
scale_fill_manual(values = c("#c65911","#ffd965"))
image.png
最后是拼图
library(patchwork)
p1+p2+p3+ggtitle("Bacteriophages")+
theme(plot.title = element_text(hjust=5))+
plot_layout(widths = c(1.2,1,0.2)) -> p
ggsave(filename = "Rplot10.pdf",
p,
width = 10,height = 3)
最终的结果如下
image.png
这里又一个细节没能够实现：就是如何让坐标轴的标签以 1 x 10 -3 这种形式展示呢？
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