多序列比对并建树－ClustalW

1.安装包

# ClustalW
wget http://www.clustal.org/download/current/clustalw-2.1.tar.gz
cd clustalw-2.1
./configure
make
make install
#或者conda 安装
conda install clustalw

#phylip
conda install phylip

软件使用：

ClustalW 提供了两种操作方式：
1、键盘交互的菜单界面
2、命令行方式
由于命令行模式参数比较长，看起来也比较复杂，
我们主要介绍键盘交互的菜单界面运行方式。
运行culstal W，
我们看到会弹出一个窗口。
各选项含义如下，2、3、4 分别代表了该软件的三个功能：多序列比对、基于已有剖面的比
对、构建进化树。
按照提示选择不同的选项将得到你需要的结果。
1 输入待比对序列；
2 进行多序列比对；
3 进行基于已有剖面（profile）的比对；
4 构建进化树；
S 执行非clustalw 的系统命令；
H 打开帮助文件；
X 退出程序；

2.使用ClustalW进行比对

可以在线进行比对　http://clustalw.ddbj.nig.ac.jp/

本地化比对，交互模式

若使用在线建树，运行clustalW，先按1回车，附上fa文件的完整路径（建议）回车，按2回车，再按一次2回车，等待，完了之后，会让输入输出完整路径。接着就可以退出clustalW了，按x。得到的dnd文件。

若用phylip 建树

１、输入 ./clustalw2 或者　clustalw 进入交互模式　　　　

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2、选择1 并输入文件名字或者文件路径和名字
注：比对序列需放在一个文件夹中

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3、输入2， 进行多序列比对

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4、如果要修改输入格式，则点9

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5、若要输出格式为phylip，则点4，并关闭1

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6、按下回车，后退

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7、选择1进行比对, 因为phylip输入文件为名infile， 所以这里直接改名字infile，并退出软件即可
进入phulip 软件的　exe　文件, 并将刚才比对结果infile 的路径移到exe中。

３、构建树：

得到的dnd文件可以通过http://itol.embl.de/来在线建树，非常方便快速。

使用phylip 建树

1、最大似然

直接输入./proml ， 输入y进行确定参数，得到两个文件，outtree 和outfile，若想图形化，则将outtree 改为outtree.tre 可在mega上查看

2、临接法

先输入./protdist. 计算各个序列中两两序列的距离，得到距离矩阵。将该结果文件改名为infile，并进行临接法构进化树，方法为；输入./neighbor.用同样的方法可以在mega上查看图像