育种数据分析之放飞自我
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学习 | BLUP与全基因组选择

继续分享好的学习资料。

只有对自己有帮助的，才是对别人有帮助的。-------这是哪个人说的来着？？？

PPT 链接：http://nitro.biosci.arizona.edu/workshops/Synbreed2013/Lectures/Lecture28.pdf

1. 作者及题目

2. BLUP是怎么起作用的？

很简单，通过构建混合线性模型，估计个体的育种值（BLUP），然后可以推断出子代的育种值应该是亲本的平均值。选择BLUP大的个体就行了。

3. 混合线性模型经典公式

简写矩阵形式：

MME形式：

4. BLUP值标准误的计算方法

5. 动物模型各元素的关系

R，G以及A，加性方差组分，残差方差组分的关系。

6. BLUP的准确性和可靠性

7. BLUP选择的优势

  • 可以容易的考虑固定因子
  • 构建A矩阵，考虑亲缘关系
  • 对不平衡性试验支持
  • 可以估计后代的值（根据亲本）

8. BLUP的缺点

  • 方差组分不是已知的，有误差
  • 相对于大规模选择（mass selection）,BLUP的方法容易增加近交系数

9. BLUP的扩展

比如重复测量，母体效应，多性状模型等等

10. BLUP到GBLUP的过渡

11. 指数选择

12. GBLUP介绍

13. 基因组选择

14. 基因组选择的优势

15. 基因组选择适合的性状

16. 基因组选择与近交系数

  • 模拟数据显示，GS相对于传统BLUP，能够降低近交系数。因为孟德尔抽样误差可以被估计，这样相似度高的全同胞不会进行组配。
  • 但是，因为GS降低了世代间隔，每年的近交增量可能会比传统方法更大。

17. 原文更精彩

原文更精彩，我就不截图了。文献虽然很老，但是道理说得很透。


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