RSEM错误解决：The SAM/BAM file declares less reference sequences (25)

不管是STAR，还是RSEM，都是第一次使用，所以在使用过程中难免摸着石头过河，犯了各种错误。

接下来是使用RSEM过程中遇到的一个小错误和解决办法，记录下来，加深印象。

一，错误的RSEM命令

rsem-calculate-expression --paired-end -no-bam-output --alignments -p 8 star_Aligned.sortedByCoord.out.bam RSEM_index RSEM_prefix

二，具体的报错命令

三，思路

错误显示：SAM/BAM使用的参考序列只有25条，少于RSEM已知的246599。上网搜了一下解决方法，有方法说让重新比对。

RSEM已知的246599，数值这么巨大，肯定不是染色体，可能是转录本。在RSEM的命令里，bam文件里的chr列是染色体，则说明，在最开始的RSEM的命令中，用错了bam文件。

四，解决方法

第一步

STAR比对过程中，用：--quantMode TranscriptomeSAM 参数 ，获得Aligned.toTranscriptome.out.bam。如图所示，该bam文件第三列为转录本：

第二步

rsem-calculate-expression --paired-end -no-bam-output --alignments -p 8 star_Aligned.toTranscriptome.out.bam RSEM_index RSEM_prefix