如何命名微生物:微生物命名的规则与实例解读 2021-02-01

By: Rashidin Abdugheni

一、细菌一词的来源:
细菌(单数为bacterium, 复数形式为Bacteria,其实,bacteria是现代拉丁语词 bacterium的复数, 它来自希腊语bakterion,意为“细小物体” (small staff)或者 baktron一词,意为棒或杆(stick, rod, staff, cudgel), 细菌之所以被称为bacteria,即杆状物(rod-shaped),是因为首次被观察到的细菌为杆状,而bacteria一词首次在1838被德国自然科学家(naturalist) Christian Gottfried Ehrenberg所引进以拟用为科学名词。
补充:

  1. 现代拉丁语中baculum(单数)或bacula(复数)任然是是指stick或rod,也就是杆子。
  2. 现代希腊语:βακτήρια,βακτήριο,μικρόβια,βακτηρίδια均可翻译为bacteria,即细菌。

二、细菌和古菌的系统分类学:
1)细菌和古菌的分类学地位:
从高到低:(Domain)、门(Phylum)、纲(Class)、目(Order)、科(Family)、属(Genus)、种(Species)。
备注:细菌和古菌的分类学中没有界(kingdom)!

  1. 以人源布劳蒂亚菌(Blautia hominis)为例:
    Domain "Bacteria"---Phylum "Firmicutes"---Class Clostridia--- Order Eubacteriales---Family Lachnospiraceae ---Genus Blautia ---Species Blautia hominis

三、 如何命名?
生物学中物种(细菌,真菌,植物,动物,昆虫等)的命名都是基于拉丁语(或拉丁语与希腊语的组合)语法规则进行,而且已有成文的规范。对于原核生物物种命名来说,也已有专门的委员会公布了对应的命名规则,即:国际原核生物命名法(International Code of Nomenclature of Prokaryotes)。

  1. 原核生物命名规范:
    原核生物的系统分类学研究中,物种的命名是个重要的环节。国际原核生物系统学委员会编写的国际原核生物命名法(International Code of Nomenclature of Prokaryotes,第一版1975出版)是原核微生物命名的重要参考规范和依据,其中涵盖最近被收录的物种名称,命名法则和原核生物命名需要注意的事项等内容。除此之外,新发现的物种命名时不能与已有的其他生物的名称重复(比如:之前已有一个植物用了lishizhenii这个种名,然后需要命名一个新分离到的微生物时,不能再用这个物种名!)。
    2019年出版的最新版本网址:https://www.microbiologyresearch.org/content/journal/ijsem/10.1099/ijsem.0.000778
  1. 微生物命名的基本知识与实例:

2.1 种(species)的命名:
2.1.1 命名时,根据潜在新物种:①分离源(如:土壤,肠道,人或动物来源,分离地点等);②形态特征(如:形状(球状,杆状,弧状,线装);③细胞大小(如:两端尖,或棒状),鞭毛特征);④菌落形态与质地(菌落大小,菌落颜色);⑥生长快慢;⑦是否产生色素;⑧是否利用特定的碳源或氮源等特性来命名;⑨非特异性命名:如用某个人的或者动物的名字命名。

2.1.2 种(species)命名实例:

①根据分离源:Blautia hominis 人源布劳蒂亚菌(human 人);Blautia intestini 肠源布劳蒂亚菌(intestine肠道);②根据形态和颜色特征等:Blautia recta 直杆布劳蒂亚菌(rectus直的);Blautia lenta 生长缓慢的布劳蒂亚菌(lentus缓慢的,懒惰的);Blautia rubra 红色布劳蒂亚菌(ruber红色的);③人名与地名: Blautia wangii 王氏劳蒂亚菌;Blautia beijingensis 北京布劳蒂亚菌;

2.1.3 完整的物种名称(属+种名)怎么翻译和理解:
2.1.3.1 翻译:种名当形容词而属名当名词进行翻译和理解。比如:Roseburia(罗斯布里氏或罗氏) faecis(粪便的)=粪源罗氏菌;

2.2 属(genus)的命名:

2.2.1 命名时,根据潜在新属:①分离源(如:土壤,肠道,人或动物来源,分离地点等);②形态特征(如:形状(球状,杆状,弧状,线装);③细胞大小(如:两端尖,或棒状),鞭毛特征);④菌落形态与质地(菌落大小,菌落颜色);⑥生长快慢;⑦是否产生色素;⑧是否利用特定的碳源或氮源等特性来命名。

2.2.2 属(genus)的命名实例:

①分离源( Humibacillus土壤杆菌属:土壤(humus)杆(bacillus=rod)菌属);Intestinibacter肠杆菌属:肠(intestine)杆(bacter)菌属;Indibacter:印度杆菌属,indi=india印度, bacter=rod 杆状);②形态和颜色特征等(如:Rhodococcus:rhodon=the rose,玫瑰,coccus球状的,rhodococcus红球菌);③生长快慢与细胞特性组合:Lentibacillus 慢长杆状菌属:lentus(慢的),bacillus=rod(杆状的));④人名与地名:人名(Zunongwangia 祖农菌属);地名(Sinobacter,Sinae中国的,sina中国,bacter=rod杆状,中华杆状菌属 );⑤其他理化特性:Butyratibacter产丁酸杆菌属,butyratum=butyrate丁酸,bacter=rod杆状的,丁酸杆菌属;

2.2 科(Family)的命名:

对于已经界定好的潜在新科来说,命名是相对简单的。比如:我们鉴定某个分离物(isolate)为一个潜在新属(potential novel genus,假设:我们命名这个属的名称为:Xiaomingia, 小明菌属),而且它与原先系统进化上临近的科(neighbor families)中的各属(genera)有明显的不同,那么界定它为新科,此时:就取这个新属为该科的模式属(type genus),并基于该模式属的名称(Xiaomingia)加上科标志后缀aceae,来生成新科的名称:Xiaomingiaeae ( 小明菌科);

  1. 命名需要注意的知识点与常见的错误

3.1 物种名称的性别(Gender)(阳性Masculine,阴性 Feminine ,中性Neuter)
与众多其他语言(如:西班牙语,意大利语,葡萄牙语,阿拉伯语等)类似,拉丁语也区分词汇的性别,即:阳性,阴性,中性。具体区分来说:性别很明确的(跟女/雌性直接相关的)词汇都可直接确定为阴性,如:amica(女朋友);而与男/雄性直接相关的词汇可直接确定为为阳性,如:mustaceus(胡须);还有一些词不分男女,即:中性词,如Bacterium,细菌。

3.1.1 名词与形容词性别的统一性:
描述阳性词的其他词(如:形容词,动词),也都是有性别的,也就是说前后统一。
比如:美丽bellus(美丽的,阴性);bella(美丽的,阳性) ;bellum(美丽的,中性)

3.1.2 阳性与阴性的区分(此处仅论结尾规律性阴阳性词,对固有性别直的直接略过):
1)阳性结尾:us,i,o,e,os,is,er,io,ax,es
2)阴性结尾:as,a,ia,ea
3)中性结尾:um,im,ii

3.1.3 对于新物种(species)起名(注意:种名全小写,斜体!):

3.1.3.1 用形容词起种名:lentus慢的,(阳/阴/中:lentus/lenta/lentum)
1)Ruminococcus lentus:慢生瘤胃球菌(直译:长得慢的瘤胃球菌)
2)Pasteuria lenta:慢生巴斯德菌(直译:长得慢的巴斯德菌)
3)Halobacterium lentum:慢生嗜盐菌(直译:长得慢的嗜盐菌)

3.1.3.2 用地名起种名: 如,在南京分离的
1)Ruminococcus nanjingensis:南京瘤胃球菌
2)Pasteuria nanjingensis:南京巴斯德菌
3)Halobacterium nanjingensis:南京嗜盐菌

3.1.3.3 用颜色起种名: 如,白色的
1)Ruminococcus albus:白色瘤胃球菌
2)Pasteuria alba:白色巴斯德菌
3)Halobacterium album:白色嗜盐菌

3.1.3.4 用人名起种名: 如,John的
1)Ruminococcus johnii:琼氏瘤胃球菌
2)Pasteuria johnii:琼氏巴斯德菌
3)Halobacterium johnii:琼氏嗜盐菌
备注:对于上述人名,地名来命名的规则的详解可参阅International Code of Nomenclature of Prokaryotes中的对应解释。
3.1.4 对于新属(genus)起名(注意:属名首字母大写,斜体!):

3.1.4.1 如常见的用人名来起名:Weng
1)Wengia lenta:慢生翁氏菌,具体词性的变化(即:结尾的变化,可以参考上述变化规则)

3.1.4.2 用组合词起名:Lentus(慢的)+coccus(球状的)=lenticoccus,慢生球菌属
1)lenticoccus albus:白色慢生球菌

3.2 物种命名常见的错误:
1)阴阳性不统一:比如,lenticoccus(阳性) alba(阴性)
2)重复命名:比如,某个词已用作某个生物(微生物,动物,植物等)的科学属名(genus name),此时不能重复用这个词来命名一个新属;另外,如果一个种名已被用,则也不能重用;但是:如果一个名字只是用来命名了一个物种(species),则可以用这个词的属名(genus)格式来命名一个新属(novel genus),比如:Pasteuria johnii 琼氏巴斯德菌,johnii作为物种(species)名了,然后我们造Johnia,用这个命名新的属Johnia(琼氏菌属),然后命名一个新物种Johnia alba (白色琼氏菌),虽然可以这么做,但是不推荐这么做,毕竟科学命名(scientific nomenclature)的初衷是为了去除混乱(less chaotic!)

四、一些相关学习资源:

  1. International Code of Nomenclature of Prokaryotes.
    2019版的网址:https://www.microbiologyresearch.org/content/journal/ijsem/10.1099/ijsem.0.000778

  2. INTERNATIONAL JOURNAL OF SYSTEMATIC AND EVOLUTIONARY. MICROBIOLOGY
    https://www.microbiologyresearch.org/content/journal/ijsem

  3. Wheelock's Latin (全球拉丁语学习宝典)

  4. Collins Latin Dictionary and Grammar

  5. Glosbe Dictionary (可将英语翻译成中文,并给出各词性的变化)
    网址: https://en.glosbe.com/

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