遗传图谱的绘制

遗传图(Genetic Map):通过遗传学方法,称为连锁图谱(Linkage Map)。以遗传图距(cM)为单位绘制的染色体上基因或标记之间相对位置的连锁图。
物理图(Physical Map):通过DNA克隆,细胞原位杂交或DNA测序等方法将DNA克隆或DNA分子标记锚定在染色体的确定空间上而绘制的连锁图。物理图是一种实物图,有确定的物理距离,如碱基对数目。

目前大多是三代遗传图谱,基于SNP来做。 部分课题组可能还在做SSR的二代图谱。

作图软件

  • JoinMap(收费)
  • MapQTL (收费)
  • Mapcharter 使用教程 https://avikarn.com/2019-05-19-mapchart/ 下载https://www.wur.nl/en/show/Mapchart.htm
  • qtl2 R包
  • highmap BMK的在线软件 http://highmap.biomarker.com.cn/

多倍体遗传作图

  • polymapR https://academic.oup.com/bioinformatics/article/34/20/3496/4990829?login=true

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