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利用freesurfer6进行海马分割的环境配置和步骤，以及获取海马体积

利用freesurfer6进行海马分割的环境配置和步骤

    • Matlab Runtime 安装
    • 1. 运行recon-all：
    • 2. 利用 recon-all -s subj -hippocampal-subfields-T1 进行海马分割
    • 3. 结束后需要在/$SUBJECTS_DIR/subject/的文件夹/mri路径下输入下面的代码查看分割情况
    • 4. 在文件SUBJECTS_DIR路径下输入quantifyHippocampalSubfields.sh 收集所有被试的海马体积
    • 参考文献

利用freesurfer6进行海马分割的环境配置和步骤，以及获取海马体积_第1张图片

Matlab Runtime 安装

一些 freesurfer 模块，例如 fsfast 和子场/核分割工具，需要 matlab 运行时包 (MCR)。 MCR 允许用户运行分布式 matlab 编译的程序，而无需支付 matlab 许可证费用。 freesurfer 命令 fs_install_mcr 可用于安装此软件包。 MCR版本要求如下。

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  • Maven项目打包成可执行Jar文件 dyy_gusi assembly
    Maven项目打包成可执行Jar文件 在使用Maven完成项目以后，如果是需要打包成可执行的Jar文件，我们通过eclipse的导出很麻烦，还得指定入口文件的位置，还得说明依赖的jar包，既然都使用Maven了，很重要的一个目的就是让这些繁琐的操作简单。我们可以通过插件完成这项工作，使用assembly插件。具体使用方式如下： 1、在项目中加入插件的依赖： <plugin>
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    1.  kevent() reported that connect() failed (61: Connection refused) while connecting to upstream, client: 127.0.0.1, server: localhost, request: "GET / HTTP/1.1", upstream: "fastc
  • 修改linux的用户名 hongtoushizi linuxchange password
    Change Linux Username 更改Linux用户名，需要修改4个系统的文件： /etc/passwd /etc/shadow /etc/group /etc/gshadow 古老/传统的方法是使用vi去直接修改，但是这有安全隐患（具体可自己搜一下），所以后来改成使用这些命令去代替： vipw vipw -s vigr vigr -s   具体的操作顺
  • 第五章 常用Lua开发库1-redis、mysql、http客户端 jinnianshilongnian nginxlua
    对于开发来说需要有好的生态开发库来辅助我们快速开发，而Lua中也有大多数我们需要的第三方开发库如Redis、Memcached、Mysql、Http客户端、JSON、模板引擎等。 一些常见的Lua库可以在github上搜索，https://github.com/search?utf8=%E2%9C%93&q=lua+resty。   Redis客户端 lua-resty-r
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    在Mysql 众多表中查找一个表名或者字段名的 SQL 语句： 　　方法一：SELECT table_name, column_name from information_schema.columns WHERE column_name LIKE 'Name'; 　　方法二：SELECT column_name from information_schema.colum
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