关于Freesurfer6.0海马体的分割环境以及步骤

利用freesurfer6.0进行海马分割的步骤（亲测有效）：

在/usr/local/freesurfer路径下解压MatlabRuntime压缩包并把license.txt文件复制在该路径下 （此过程为搭建环境）

tar zxvf MatlabRuntime.gz

1，文件夹的命名规则：

要在/usr/local/freesurfer/subject/自己建的文件夹/mri/orig/*.mgz文件

注意：文件必须是001.mgz这种格式的，不是的话用下面的指令进行数据格式的转化

SUBJECTS_DIR=/media/clm/Data/chen_hippocampus_segment/control ##文件放的路径

cd $SUBJECTS_DIR

在/usr/local/freesurfer路径下跑
这里的bert是一个带替被试的文件夹，
eg：recon-all -all -s pat_zhaofengying -hippocampal-subfields-T1

recon-all -all -s bert -hippocampal-subfields-T1

2，结束后需要在/usr/local/freesurfer/subject/自己建立的文件夹/mri路径下输入（#可以查看分割情况）

freeview -v nu.mgz -v lh.hippoSfLabels-T1.v10.mgz:colormap=lut -v rh.hippoSfLabels-T1.v10.mgz:colormap=lut
``
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3,在文件/usr/local/freesurfer/路径下输入

quantifyHippocampalSubfields.sh T1 OPTIONAL_subject_directory

***收集所有分析对象的体积OPTIONAL_subject_directory为保存的文件名