学习小组Day3--魏东升

听说，生信软件有1000多个，如何在Linux系统下安装软件呢？不怕，我们有miniconda。那么，miniconda有怎么安装呢？

1. miniconda的安装

Step 1. miniconda package的下载

wget + 下载链接
其实，能否自己搜到结果很重要！

Step 2. minniconda安装

因为miniconda package是bash文件，所以应用
bash + package name进行安装
一直点“Enter” 或输入“yes”

Step 3. 激活

source ~/.bashrc

2. 国外网址打开很慢，所以，添加channels，加快下载速度。

3. 使用conda安装软件

3.1 搜索软件包

conda search + package name

3.2 安装软件

conda install + package name（= version number）

3.3 卸载软件

conda remove + package name

4. conda的环境

conda info --envs
重点来了：每个项目应用的软件不同，即使应用同一个软件，版本号也不一定相同，所以，创立一个特定的环境，以满足个人需求显得尤为重要。

• 创建
  例：conda create -n RNA_seq python=3 fastqc trimmomatic -y
• 激活
  例：source activate RNA_seq

• 卸载
  卸载某个软件
  例：conda remove -n RNA_seq fastqc -y
  全部卸载
  conda remove -n RNA_seq --all
  注：以上例子均来自生信星球。
  今天的思维导图如下：

  
  
  Day3--魏东升.jpg