RNA velocity分析练习（二）软件安装

系列回顾：
1.RNA velocity分析练习（一）文件下载以及预处理

要获取我们需要的loom文件，你需要先安装以下文件：

1. 首先要求你的python >=3.6.0
2. 安装依赖软件：

$ conda install numpy scipy cython numba matplotlib scikit-learn h5py click

当然你也可以选择用pip进行安装：

$ pip install numpy scipy cython numba matplotlib scikit-learn h5py click

3. 安装pysam

$ pip install pysam

4. 安装velocyto（这就是我们之后生成loom文件需要的软件）

$ pip install velocyto

5. 测试是否安装成功：

$ velocyto --help
Usage: velocyto [OPTIONS] COMMAND [ARGS]...

Options:
  --version  Show the version and exit.
  --help     Show this message and exit.

Commands:
  run            Runs the velocity analysis outputting a loom file
  run10x         Runs the velocity analysis for a Chromium Sample
  run_dropest    Runs the velocity analysis on DropEst preprocessed data
  run_smartseq2  Runs the velocity analysis on SmartSeq2 data (independent bam file per cell)
  tools          helper tools for velocyto