FastQC下载及安装

FastQC下载及安装

FastQC是一个java软件，下载后可以直接使用，免安装编译，但需要先配置java环境。

一、Java环境配置

首先，确定java是否已经配置好。

java -version

not found，但虚拟机提示可输入以下命令进行下载。

sudo apt install default-jre
sudo apt install openjdk-11-jre-headless
sudo apt install openjdk-8-jre-headless
sudo apt install openjdk-9-jre-headless

再次java -version，java配置成功。

二、FastQC的下载安装

网页下载或本地上传（直接利用远程控制软件将fastqc压缩包传到虚拟机上）。

1、建立fastqc文件夹

mkdir ~/Biosofts/fastqc

2、解压

unzip ~/Biosofts/fastqc_v0.11.7.zip -d ~/Biosofts/ 

3、通过路径查看

 ~/Biosofts/FastQC/fastqc -h

!!! 发现没有执行权限！

为了获得执行权限，借助chmod指令修改文件权限，如下。

chmod 777 /home/gxx/Biosofts/FastQC/fastqc

其中，777是111，111，111，即获得可读可写可执行权限。

4、加入环境变量

环境变量加入后，就不用再输入路径了。

echo 'export PATH=~/Biosofts/FastQC:$PATH' >>~/.bashrc

source ~/.bashrc

5、查看

fastqc -h

结果如下（局部）：