linux简单命令

写在前面，现在因为课题需要被迫学习生信的人不少，linux则是必须要接触的语言了，我也一样，纯小白，没有基础知识，所以遇到什么查什么，一点点积累，就有了下面越来越多的语句。还会慢慢更新......
如果你只是简单的处理，下面的句子就足够使用了，如果想继续精进的就一定要学一下基础知识，要不然总是空中楼阁，遇到变通的情况就没法处理了。希望对大家有帮助。一起加油！

基本系统操作

bc -l：启动Terminal下的计算器，可以在这里进行简单的数学运算，输入"quit"就可以退出；
matlab & 在同一个窗口打开多个软件。在软件命令后面夹&，即可把命令行空出来；
nohup command > myout.file 2>&1 &后台挂起任务，关闭终端任务也不会结束，并将运行界面输出；
md5sum filename.fq.gz >md5tmp1.txt下载文件生成md5码；
cat md5tmp1.tx查看文件生成的md5码；
cat filename.fq.gz.md5查看随文件下载的md5码是否和文件生成的md5码一样，确保文件下载准确；
free -h查看存储；
top -c 查看进程
htop查看目前linu运行情况；
killall -u usernamekill掉该用户的所有进程；

对文件夹及文件的基本操作：

pwd：列出当前目录的完整路径，明确你在哪；
du -sh ./检查当前目录所占空间大小；
du -sh * 查看当前目录下各文件内存；
cd ：跳转到其他目录，cd - 跳回最近一次的目录，cd ..退回上一层目录；
ls：列出当前目录内容，加上 -l -rt 参数，会更加清晰，明确目录下都有什么；
ls > a.txt 把该路径下的文件名列到a文件里；
ls | wc -l 查看当前目录下文件个数;
ls -lh查看当前目录下各个文件及其大小；
ls -lht查看当前目录下各个文件、大小、时间；
ls | sed "s:^:pwd/:" 在每个文件开头加上绝对路径；
ln -s 查看快捷方式的原始路径；
mkdir创建文件夹;
rm删除文件或者目录；
mv移动文件；
cp path/filename newpath/ 拷贝文件到指定路径;
cp -r如果下面有子文件夹用这条命令，拷贝此文件及其所有子文件夹;
cp -r pathway/. newpathway/复制文件夹名下所有文件到路径而不是整个文件夹名称及内容复制；
cp {file1,file2,file3} newpath/ 复制多个文件;
rm -f ROI*.txt 删除文件名带有ROI的txt文件，-f强行删除;
find . -type f -name "ROI*.txt" > 1.txt查找当前路径下文件名中含有ROI的文件存入到1.txt文件中;
find . -name "*" -type f -size 0c > filename.txt查找当前路径下大小为0的文件，并将文件名输出；
find ./ -name “*.txt” |xargs rm -rf查找当前路径下以txt结尾的文件并删除；
grep a -wn filename 在文件中递归查找a的行，同时返回行号；w是完全精确匹配，n是返回行号；
chmod +x ./test.sh 给shell脚本添加执行权限；
./test.sh 执行脚本文件；

解压缩各种文件

unzip -d filename.zip 把文件解压到指定路径下；
unzip -n filename.zip 解压文件不覆盖原文件；
unzip -l filename.zip 不解压文件，只看压缩包里有什么；
gunzip filename.gz 解压文件.gz文件;
gzip filename 压缩文件成.gz文件；
zip 1.txt.zip 1.txt压缩1.txt文件成1.txt.zip；
gunzip -c filename.gz > filename 解压文件并保留原压缩文件;
tar zxvf filename.tgz 解压文件.tgz文件;
tar -jxvf filename.tar.bz2 解压文件.tar.bz2文件 ;
bunzip2 filename.bz2 解压文件.bz2文件;
tar -zxvf filename.tar.gz 解压文件.tar.gz文件;
gunzip -d -c xx.bgz > xx 解压.bgz文件;
unrar x filename.rar 解压rar文件到filename文件夹下，保持原来的文件结构；
zcat filename.gz | head -5不解压查看文件前5行；

查看文件

head -n查看文件前n行；
tail -n查看文件尾n行；
more filename查看文件
cat filename: 查看文件;
cat -A filename 查看换行符；
less -SN打开文本文件，这个是查看文本文件更合适的方式；
view filename打开文件后输入 :set list查看文件是以什么分隔，列与列之间是 ^I 为制表符;
wc -l filename 查看文件里有多少行;
cat filename | awk '{print NF}'查看文件没行有几列
vim代码文件 #在linux窗口打开了代码，方便看；
insert 更改代码看光标移动位置；
esc 退出insert；
命令模式下输入 /a ，即高亮所有a，按n查找下一个；
左下角insert不见了，在下面输入 ；
:wq 保存并退出代码; :q!不保存强行退出；
ctrl+f 查找快捷键；
rename 's/a/b/' *.nii 批量改文件名,把后缀为.nii的文件名a换成b；

数据清洗

uniq a.txt a文件去重，重复值留一个;
uniq -u a.txt a文件去重，重复值一个都不留;
uniq -c a.txt a文件每行重复的字数;
sort -n a.txt | uniq -c a文件排序后再去重，重复值留一个;
uniq -d a.txt只显示重复的行;
sort -k2,2 -u test.txt 根据文件中第二列去重;
sort -n -k2 file.txt 按第2列从小到大排序;
sed -i 's/,/ /g' yourfile 把逗号分隔符改为空格分隔符;
sed "/-/d" a.txt > tmp.txt删除含有-的行;
sed -i '1d' filename删除第一行
sed -i 'nd' filename删除第n行
sed -i '$d' filename删除最后一行
sed -n '1,5p' filename > newfilename 提取1-5行生成新文件
cat file1 file2 | sort | uniq > result 求两个文件的并集，重复的行只保留一行;
cat file1 file2 | sort | uniq -d > result 求两个文件的交集，两个文件中都有的行；
cat file1 file2 | sort | uniq -u > result 求两个文件的差集，只有一个文件中有的行；
cat file1 file2 > file3合并文件：一个文件在上，一个文件在下；
cat *.txt ＞ ../cat.txt合并多个以txt为后缀的文件；
paste -d" " file1 file2 > file3合并文件：一个文件在左，一个文件在右，以空格分隔；
awk '{$1="";print $0}' filename 删除第一列；
awk '{print $1,$2,$3,$9}' filename > new file提取文件中1，2，3，9列生成新文件；
awk '{print $1,$2,"111"}' a.txt 给文件中第三列赋值111；
awk '{print $1}' A | paste -d' ' B > 1 把a文件的第一列粘贴到b文件输出新文件1；
awk '{sub(/^[ \t]+/,"");print $0}' filename 删除每一行首的空格 ；
awk -F " " '{if ($4==2) $4=0}1' test.txt > a.txt 将test文件中第四列的2替换为0；
awk '{print $0,"a"}' test1.txt > test2.txt 新加一列
cat 1.txt|grep -E 'aaa|bbb' > 2.txt 提取1文件中含有aaa和bbb的行，生成新的文件2；
cat 1.txt | awk 'BEGIN{ORS=","} {print $0}' > 2.txt把以回车分隔的一列数字变为以逗号分隔的一行数字；
cat temp.txt | awk 'BEGIN{ RS=","; } { print $0 }'上述操作反过来；
cat test | awk '{FS=" "}{if ($2<2){print $0}}' >> 1 查看test文件，把第二列中的数值小于2的所有行提取出来生成新文件1；
grep a filename 查找文件中含有a的行

循环

按读取一个文件的每一行循环：

for line in `cat filename`  #注意，这里是反引号，1左边那个键

do

mkdir path/${line}   #以上面文件每一行的信息建立结果输出文件夹

Rscript.........   #你要运行的命令

done

未完待续......