生信星球学习小组第37期 day5 chen

Day5 R语言初上手续 2020-2-18

思维导图——R语言初上手续

1. 向量

1) 向量 vs. 标量

元素：数字或者字符串（用chr表示）等
标量：一个元素组成的变量
向量：多个元素组成的变量 (可作为数据框的一列)

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2) 从向量中提取元素

a. 根据元素位置

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b. 根据值

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2. 数据框

1) 读取本地数据

⚠️将数据放在工作目录下，否则报错！

read.table(file = "name.txt",sep = " ",header =T) #读取文件，分隔符为Tab，有表头
【无需赋值，可直接将数据框内容打印到屏幕上】
a<-read.table(file = "name.txt",sep = "\\t",header =T)#把这个数据框赋给一个变量a
【sep：分隔符，header：表头】

2) 设置行名和列名

X<-read.csv('name.txt')【注意这里的变量X是一个数据框】
colnames(X) 【查看列名】
rownames(X) 【查看行名,默认值的行名就是行号，1.2.3.4...】
colnames(X)[1]<-"bioplanet"【有的公司返回数据，左上角第一格为空，R会自动补为x,用这个命令来修改】
X<-read.csv(file = "huahua.txt",sep = " ",header =T,row.names=1)【最后row.names的意思是修改第一列为行名】

3) 数据框的导出

write.table(X,file = "yu.txt",sep = ",",quote=F)【分隔符改为逗号，字符串不加双引号（默认格式带由双引号）】

4) 变量的保存与重新加载

❓这次没有处理完的数据下次想接着用怎么办?
学会保存和重新加载。保存的格式是RData。

save.image(file="bioinfoplanet.RData")【保存当前所有变量】
save(X,file="test.RData")【保存其中一个变量】load("test.RData")【再次使用RData时的加载命令】

5) 提取元素

X[x,y] #第x行第y列
X[x,] #第x行
X[,y] #第y列
X[y] #也是第y列
X[a:b] #第a列到第b列
X[c(a,b)] #第a列和第b列
X$列名 #也可以提取列（优秀写法，不过只能提取一列）

附上练习（手打能帮助理解含义）

练习

6) 直接使用数据框中的变量

提取某两列作散点图：
一般操作：

a <-data.frame(case=paste("S",c(1:50)),values=runif(50)) plot(a$case,a$values)
【case和values是两个单纯的列名；数据框名a在代码中重复出现，较长时比较麻烦】

更便捷的操作：

attach

将数据框名添加到搜索环境中：attach（a）,作图时就只需输入列名(连$都不用了)。
attach(a)
plot(case,values)
做完后将a删除出搜索环境 detach（a）
【局限性：两个以上数据框的列名有冲突时，同时attach会报错。】

with

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➡️【先理解with(a,{plot(case,values)})】

➡️【尝试脚本的书写与保存】
将上面的代码手打到一个新的R脚本中，然后保存到工作目录下，脚本文件的后缀就是R，用时直接打开就好。
练习

attach与with练习

散点图

小作业

问题：save(X,file="test.RData")这句代码如果报错X not found，是为什么，应该怎么解决？
：当前环境下没有定义X这个变量，所以无法保存。