生信零基础 Day5 by Sure栗子

R进一步操作

• 熟悉“向量”和是“数据框”概念及其简单操作
  下图来自“生信星球公众号”

  
  
  向量概念-来自生信星球.png

• 多个有序的元素组合就是向量

• 基础操作来啦
  赋值

x<-c(1,2,3) #常用的向量定义写法，意为将x定义为由元素1，2，3组成的向量。
x<-(1:10) #从1-10之间所有的整数
x<-seq(1,10,by = 0.5) #1-10之间每隔0.5取一个数（注意这里是逗号不是分号）
x<-rep(1:3,times=2) #1-3 重复2次
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• 提取元素
  （1）根据元素位置
  x就是刚刚自己赋值的那个数，任意都行，记得用[ ]符号来表示选中，用( )符号来表示范围

x[4] #x第4个元素
x[-4]#排除法，除了第4个元素之外剩余的元素
x[2:4]#第2到4个元素
x[-(2:4)]#除了……
x[c(1,5)] #第1个和第5个元素

（2）根据值的大小

x[x==10]#等于10的元素
x[x<0]
x[x %in% c(1,2,5)]#存在于向量c（1，2，5）中的元素

%in% 没搞明白啥意思.png

提取元素.png

-数据框
数据框就是表格，之前在本地路径里放入需要读取的表格文件
然后通过以下命令读取：

x<-read.csv('doudou.txt')
read.table(file = "huahua.txt",sep = "\t",header =T) #读取文件，分隔符为Tab，有表头 
a<-read.table(file = "huahua.txt",sep = "\t",header =T)#把这个数据框赋给一个变量a 
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两种读取数据框的方式.png

设置行名和列名

x<-read.csv('doudou.txt') #在示例数据里有doudou.txt 注意这里的变量X是一个数据框
colnames(X) #查看列名
rownames(X) #查看行名,默认值的行名就是行号，1.2.3.4...
colnames(X)[1]<-"bioplanet"#有的公司返回数据，左上角第一格为空，R会自动补为x,用这个命令来修改
X<-read.csv(file = "huahua.txt",sep = "\t",header =T,row.names=1)#最后row.names的意思是修改第一列为行名
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瞎几把按计算器中.png

数据框的导出用write命令：

write.table(X,file = "yu.txt",sep = ",",quote=F)#分隔符改为逗号，字符串不加双引号（默认格式带由双引号）
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导出的文件.png

变量的保存与重新加载
以下命令：

save.image(file="bioinfoplanet.RData")#保存当前所有变量
save(frame1,file="frame1.RData")#保存其中一个变量
load("frame1.RData")#再次使用RData时的加载命令
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• 提取元素
  以下命令

- X[x,y]#第x行第y列
- X[x,]#第x行
- X[,y]#第y列（横着写，这是不够懒也不够优秀却能存在的写法）
- X[y] #第y列（竖着写，这是懒惰又优秀的写法）
- X[a:b]#第a列到第b列
- X[c(a,b)]#第a列和第b列
- X$列名#也可以提取列（优秀写法，而且这个命令还优秀到不用写括号的地步，并且支持Tab自动补全哦，不过只能提取一列）
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• 画图
  用plot命令

c <-data.frame(qwe=paste("S",c(1:50)),asd=runif(50))
> plot(c$qwe,c$asd)
下面是用attach命令是操作更简便
attach(c)
plot(qwe,asd)

散点图.png

• 头疼的with函数

  
  
  with函数没搞懂.png