2019.7.9 训练基于Silva数据库的Qiime2特征分类器

材料：

1. Silva 132序列文件：

        含有rep_set，taxonomy目录

2. 引物序列：

Forward: GTACTCCTACGGGAGGCAGCA

Reverse:  GTGGACTACHVGGGTWTCTAAT

方法：

1. 导入序列和分类文件

qiime tools import \

> --type 'FeatureData[Sequence]' \

> --input-path SILVA_132_QIIME_release/rep_set/rep_set_16S_only/99/silva_132_99_16S.fna \

> --output-path 99_otus.qza

qiime tools import \

> --type 'FeatureData[Taxonomy]' \

> --input-format HeaderlessTSVTaxonomyFormat \

> --input-path SILVA_132_QIIME_release/taxonomy/16S_only/99/taxonomy_7_levels.txt \ 

> --output-path ref-taxonomy.qza 

2. 提取参考序列

qiime feature-classifier extract-reads \

> --i-sequences 99_otus.qza \

> --p-f-primer GTACTCCTACGGGAGGCAGCA \

> --p-r-primer GTGGACTACHVGGGTWTCTAAT \

> --p-trunc-len  0 \

> --p-min-length 100 \

> --p-max-length 400 \

> --o-reads ref-seqs.qza

3. 训练分类器

qiime feature-classifier fit-classifier-naive-bayes \

> --i-reference-reads ref-seqs.qza \

> --i-reference-taxonomy ref-taxonomy.qza \

> --o-classifier ../classifier_for_677.qza