软件安装

                              linux如何安装软件？

1. 了解conda - Linux的软件商店（听说很好用）

    Bioconda （http://bioconda.github.iominiconda）主要负责生信领域。

2. 下载 miniconda

  （1）  通过百度或者谷歌搜索“miniconda 清华”-也就是清华的conda镜像网站

    （2）  查看服务器是多少位的：输入命令 uname -a

查看成功

  （3）新建并进入 biosoft文件

进入文件

  （4）用wget 命令下载miniconda

下载完毕

（5）安装miniconda

安装成功

（6）激活并添加镜像  source ~/.bashrc

查看channels: conda config --get channels移除某个channels：conda config --remove channels

（7）查看当前服务器上安装的所有软件列表 conda list并搜索conda软件fastqc

                                                      conda search fastqc  进行中

（8）搜索完毕并安装软件 conda install fastqc -y

          安装软件：conda install 软件名称(ex.cutadapt)

          软件更新 ： conda update 软件名

          搜索软件： conda search fastqc

          安装特定版本软件： ex. conda install bwa=0.7.12

          软件卸载： conda remove 软件名

          conda 卸载 rm -rf ~/miniconda3

            环境变量中去掉conda, vi ~/bash_profile 删除conda路径，退出保存（：wq）

（9） 卸载软件 conda remove fastqc -y

（10）conda 环境 conda info --envs（目前只有一个）

（11）处理转录组数据。先建立一个名叫rnaseq的conda环境，然后指定python版本是3，安装软件fastqc、trimmomatic（这两个可以一步完成）(这里指定python版本是因为有的软件是基于python开发的，不是要你学python或者用它干什么）（时间问题，此部分为粘贴部分）conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y

（12）查看目前的conda环境  conda info --envs， 激活新的conda环境 conda activate rna-seq，然后退出当前环境conda deactivate

    开心！！！！