通过lftp命令下载GATK官网Resource bundle数据

通过lftp命令下载GATK官网Resource bundle数据

# 如果使用GATK软件calling variation最好使用GATK官网数据

1. FTP地址

GATK Resource bundle FTP 地址.png

2. 下载安装lftp

GATK官网推荐使用lftp工具进行访问ftp和下载数据，如果服务器中没有lftp命令，可以提前下载安装，最好使用管理员安装。

yum -y install lftp    #Redhat 系列
apt -y install ftp     #Debian系列

3. lftp下载数据

# 首先lftp，后面跟用户名，然后at符号，ftp服务器地址
lftp ftp://[email protected]/bundle

密码是空的，直接敲回车。

没有密码直接敲回车.png

这样就访问到 Broad Institute服务器了，可以使用cd ls等命令来查看数据。

各种基因组版本数据.png

# 下载单个文件 get + 文件名
get ucsc.hg19.fasta.fai.gz

# 下载多个文件
mget *.gz

# 下载目录
mirror hg19

# 退出
exit