SiRNA 序列设计

有很多方法，也有很多网站，但是我发现最高效的还是：
sigma的shRNA设计的网站，由于ShRNA与SiRNA工作原理及其相似，所以完全可以借鉴靶序列：

https://www.sigmaaldrich.cn/CN/zh/semi-configurators/shrna?activeLink=productSearch

打开网址后：
输入gene name
而后选择验证过，且敲低效率高的序列；
为了保险起见，拿到序列后可以直接去blast；

注意事项

（1) 靶序列选择

我们需要避免选择基因内含子、5'UTR、3'UTR 设计 siRNA。UTR 存在的丰富调控蛋白结合位点可能影响 RISC 和靶序列的结合。一般来说 RNAi 沉默最佳靶序列区域是基因 CDS 转录起始位点下游 50-100bp。
若靶序列转录 mRNA 碱基 GC 含量大于 50% 或可以形成二级结构，也不利于 RISC 结合，影响沉默效率。

（2）序列特异性

确保 siRNA 在靶序列之外没有高于总序列碱基数目 78% 的相同碱基。