linux常规操作简明手册(基于北京超级云计算中心)

1. 查看Linux内核版本命令：

cat /proc/version

2. 查看Linux系统版本的命令

lsb_release -a

3. 新建文件和新建文件夹、移动文件、打开目录

touch test #新建名为test的文件
mkdir new_dir #新建名为new_dir的文件夹
mv text new_dir #将text移动到new_dir文件夹中
cd new_dir #打开new_dir文件夹

4. 查看文件夹

ls -lh new_dir #查看new_dir 文件夹的详细信息
ls #查看目录

5. 删除文件夹、文件

rm -rf new_dir #删除new_dir文件夹
rm test #删除test文件

6. 解压缩、压缩

tar -xzvf test.tar.gz
tar -xf text.tar.xz
tar -zcvf test.tar.gz  #text为要压缩的文件名

7. vim编辑器的使用

vim test #O进入编辑模式、Esc返回、：wq保存退出

8. 查看磁盘空间

df -h

9. 北京超级计算机学习笔记：

新建test.sh文件

#!/bin/bash
#SBATCH -p amd_256
#SBATCH -N 1
#SBATCH -n 64
hisat2_extract_exons.py /public1/home/scb4951/data/sheep.gtf > /public1/home/scb4951/data/exons.txt
hisat2_extract_splice_sites.py /public1/home/scb4951/data/sheep.gtf > /public1/home/scb4951/data/ss.txt
hisat2-build -p 64 --ss /public1/home/scb4951/data/ss.txt --exon /public1/home/scb4951/data/exons.txt /public1/home/scb4951/data/sheep.fa /public1/home/scb4951/data_output

bash命令行输入

1.
sbatch test.sh#后台提交
#or
2.
srun test.sh#交互式提交
#or
3. 
chmod +x test.sh

#实时查看提交的日志
tail -f slurm-xxx.out
#查看账户队列
squeue -u scb4951
#查看作业号状态
scontrol show job 123456
#取消作业队列
scancel 123456

9. 环境变量的书写：

环境变量的书写

PS：更新当前用户环境变量：source ~/.bashrc

10. Linux系统的包管理器

yum (Yellow dog Updater, Modified)

基于 RPM 包管理器，能够从指定的服务器自动下载 RPM 包并且安装，可以自动处理依赖性关系，并且一次安装所有依赖的软件包，无须繁琐地一次次下载、安装。后缀为后缀是.rpm的包

apt与apt-get (Advanced Packaging Tool)

apt 是将 apt-get、apt-cache 和 apt-config 中最常用命令集合起来的工具，基于 dpkg 包管理器的前端工具。后缀是.dep的包

linux中.dep和.rpm包相当以windows中的.exe包

----------------大多数软件可以通过以上两个包管理器安装--------------

源码包

编译器安装--解压---编译
编译指将人类可读的编程语言转化成电脑可读的01语言。
它可以在所有的Linux系统上运行，并且你可以随意修改它的代码。
主要安装步骤为：

1、下载相应的软件包，并找到其在linux系统中的位置；
2、cd soft.tar.gz所在的目录（或者右键soft.tar.gz所在的目录选择用终端打开）；
3、tar -xzvf soft.tar.gz （解压缩的过程，会在软件包所在目录出现解压后的软件目录）；
4、cd soft(打开该软件目录)；
5、./configure（1、让用户选定编译特性；2、检查编译环境。configure执行后将生成MakeFile文件./configure --prefix=安装路径 --conf-path=配置文件的具体位置）ps：有的文件自带makefile文件，这一步可以省略；
6、make(make 命令 是对 makefile 文件 操作，编译并创建所需的库文件)；
7、make test (测试编译结果是否正确)；
8、make install(make install 是安装命令)；
9、如果安装失败可以尝试make clean；
10、重新进行6-8步骤；
11、将编译好的安装包的bin目录写入环境变量；
12、直接命令行输入bin目录下可执行文件的名字运行。