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TCGA+biomarker——Sample基线表

在常规的临床类文章，或者在TCGA类的研究文章中，展示文章收集的样本信息很常见，主要就是让读者能直观清楚的了解此篇文章涉及到哪些样本，具体样本的表型信息。

案例展示

  • 例图1：下图展示了样本信息，行主要是样本的年龄、性别、分期、肿瘤大小等信息，列主要是数据集，其下设置关系表型属性（比如是否转移、是否死亡、某关键因子的表达分类等等），这里设置的"是否转移"，整个表格即展示了整理样本的情况，也展示了样本的那边变量与转移之间的关系！
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  • 例图2： 下图列选择的就是KIF20A的表达值分类属性！整个表格即展示了整理样本的情况，也展示了样本的那边变量与KIF20A表达之间的关系！
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  • 例图3：下图列主要包括3个独立数据集，其下设置的是风险属性！
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  • 例图4：下图列设置的是“活着”、“携瘤死亡”和“无瘤死亡”这三分类属性!
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这类样本基线表，展示形式大多以上这几种，可以直接展示样本信息，不涉及统计学；也可以针对某个关键表型进行统计学计算！

如何制作这类表格？

这类表格只要有详细的临床信息，就可以自行用excel表格整理汇总，就是比较麻烦。后来查询各种教程，发现很多大神将这个过程编程化，让整个整理过程变得轻松，后期只需要简单修改即可，可参考：临床数据分析三板斧之R语言完成自动化三线表（自行检索）。

今天的内容就到这里，更多内容可关注公共号“YJY技能修炼”~~~

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