在NCBI查找指定物种基因组信息

【原创】在NCBI查找指定物种基因组信息

---

生信分析中经常需要查找指定物种的基因组信息。如：基因组相关分析中需要借助已有基因组辅助基因组组装及基因预测；转录组同样查找已有基因组作为参考基因组；宏基因组/宏转录组同样需要查找基因组来剔除宿主数据，等等。。。

本文仅以目前最常用的综合性基因组数据库 NCBI 为例，演示下基本的物种基因组检索方法。

1、获取物种拉丁名

这个方法有很多，最常见的百度百科就基本可以满足绝大多数需求。
以 小菜蛾 为例：

“小菜蛾”百度百科结果

找到 “小菜蛾” 的拉丁名为：Plutella xylostella

2、NCBI检索基因组

检索数据库选择 Genome；搜索框输入物种拉丁名 “Plutella xylostella” 

点击 Search 后会跳转至 NCBI 推荐基因组，该基因组一般为组装结果较好或注释信息较全的基因组；

同时也可以看到，这里显示本物种在NCBI中共收录有7个基因组信息

 “Plutella xylostella” NCBI检索结果

3、全部基因组浏览

如果想要查看NCBI上关于本物种更多的基因组信息，可点击上图中的 “list” 链接：

进一步跳转至  “Plutella xylostella”  全部基因组浏览页面：

“Plutella xylostella”  全部基因组浏览

比较重要的几列信息如下：

第 1 列：物种信息
第 3 列：亚种、菌株等编号
第 6 列：对应基因组Assembly编号，点击可直接跳转对应基因组信息页
第 7 列：基因组组装水平，一般选取 Chromosome 或 Complete Genome 水平基因组
第 8、9、12、14 列：基因组组装大小、GC含量、序列条数、更新时间等信息
第 13 列：基因组CDS预测结果，确实则表示该基因组未进行CDS预测，即缺失基因信息

在这里即可根据自身需求选择合适的基因组进行相关分析啦~