基因组学5-利用faSomeRecords根据基因ID提取基因序列

安装

从该网址下载其安装脚本：http://hgdownload.cse.ucsc.edu/admin/exe/linux.x86_64/

我一般都是保存在bin目录下，cd到该目录

运行命令行：

$ chmod +x faSomeRecords #赋予文件可执行权限，为Linux系统下执行

写到环境变量

echo export "PATH=~/bin/faSomeRecords/:$PATH" >> ~/.bashrc 

.     ~/.bashrc

vim 创作一个 保存基因名字的文件

图1

faSomeRecords ref.cds.fasta id.txt query.fasta

#在该目录下存储着参考基因组的cds文件，即ref.cds.fasta

图2

图2是提取的结果。

------------------写在后面

非常实用的软件，用来提取目标基因序列，当然也包括蛋白，做法和提取基因的一样。