保姆级教程：手把手教你画出内容丰富的基因结构图 （进化树+CDD+UTR/CDS）

写在前面：在基因家族生信分析（二）这篇文章里，简单提到了一种基因结构绘制的方法，当时是跟着视频课做笔记，没有实际操作。直到今天实际操作了一下，发现有很多需要注意的地方，今天就详细记录一下。

正文在这：先放成果图哈，这张基因结构图里分为进化树，CDD（保守功能结构域），UTR/CDS（基本基因结构）三大部分。

最后的效果图！

第一步，UTR/CDS（基本基因结构）

1）首先从拟南芥官网获取GFF3文件（GFF3文件里无具体序列，是一些结构信息）

下载完会获得GFF3文件，如文件夹里的1

2）以WRKY家族转录因子为例，下载序列信息，打开plantTFDB网站，选择所需物种。点击WRKY家族，点击Download Sequence

plantTFDB主页

下载完会获得WRKY家族转录因子序列信息，如文件夹里的2

3）简化2里的基因名，方便后续操作

TBtools步骤

将序列名进行简化，得到文件夹中的3

4）提取基因ID和序列（取其中30个）

TBtools步骤

得到序列名称list，如文件夹里的4

保证下面方框中输入的基因名称和文件3中基因名称一致、

5）展示基本基因结构

TBtools步骤

按步骤输入，start，得到下图

UTR/CDS（基本基因结构）

第二步，UTR/CDS（基本基因结构）+CDD（保守结构域）

1）打开NCBI的CD search：一键直达，然后找到Batch CD-search，进行批量分析。

分析完成后，Download得到文件夹里的6

2）打开hitdata.txt（这里要用excel打开）。

其中Query列信息需要分列处理一下

3）将Query列信息分列，是为了获取对应的基因ID。

分列步骤图

4）将From，To，Short Name 列信息同样复制到Sheet2，得到我们所需的信息。（ps. 这里保存的话，就没有sheet2了，而是直接变成了hitdata.txt，但是信息仍然是处理过的，影响不大）

sheet2里有我们需要的所有信息

5）展示基因结构

还是这个步骤

右边的参数框错了，应该是选下面两个哦。输入的信息略有变化，得到下图

UTR/CDS（基本基因结构）+CDD（保守结构域）

第三步，UTR/CDS（基本基因结构）+CDD（保守结构域）+进化树

1）这里就是用mega做一个进化树，然后保存为netwick格式（文件8），这个就不讲了，不会的可以关注公众号私信我，给你发教程哈。

TBtools步骤

，左图是进化树，右图是结果图

需要注意的是，当你把.nwk文件导入并作图，出来的基因顺序是根据进化树顺序排列的，但是是倒序，如上图中红框部分本来在最上面，生成图片之后就跑到了最下面。

进化树生成pdf（文件9）

基因结构图同样导出成pdf，将这两个图片用AI编辑，把你的进化树水平翻转一下，然后调好间距、颜色、blabla，然后保存，就可以得到一开始的效果图啦！

不过时至今日，基因结构绘制功能已经有了加强版，看着就很厉害，可惜我还不会用，害，慢慢学习，加油！有哪个小伙伴会的话也可以教教我呀哈哈哈。

推荐版本

---

为了方便大家练习，我把做这张图用到的文件都打包在一个文件夹了，微信搜索“今天吃了橙子”，回复”结构图“即可快速获取哦~

今日份奥利给：一个人要像一支队伍，对着自己的头脑和心灵招兵买马，不气馁，有召唤，爱自由（，早日SCN）。