基因家族分析1

1.数据下载

1）基因家族模型下载

在pfam（http://pfam.xfam.org/）中下载已知的蛋白保守结构域的隐马尔科夫模型（HMM）

model.png

hmm下载.png

2）基因组数据下载

1.下载基因组文件fa   http://www.maizesequence.org/index.html

2.下载基因组注释文件（gtf,gff3,gff）ftp://ftp.ensemblgenomes.org/pub/plants/release-47/gff3/zea_mays

3）在目标基因组中寻找基因家族

1.利用hmmer软件中的hmmsearch命令搜索目标基因家族蛋白。

筛选出了51个成员（横线以上），横线以下2个不可信，保守起见确定一下。

hmm鉴定.png

2.利用TBtools得到基因id和对应序列的fasta文件

3.去NCBI进行blastp:https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?PROGRAM=blastp&PAGE_TYPE=BlastSearch&LINK_LOC=blasthome

blastp.png

点击Download All，选择下载XML格式

result.png

用TBtools把xml格式转化为table格式

工具.png

筛选结果.png

按Query_def删除重复项，筛选出47个家族成员

4.基于保守域进一步筛选

保守域.png