Alphafold批量下载蛋白的pdb文件

之前在做分子对接，在网上查了一圈，没有找到合适的工具从Alphafold批量下载指定蛋白的pdb文件。于是打算用爬虫解决这个问题，但是只能从Alphafold下载第一个蛋白，后面的请求就被拒绝了，于是选择自动化模拟点击完成这个工作，缺点是速度慢。下面上代码正文：

import os
from selenium import webdriver
from selenium.webdriver.common.by import By
from webdriver_manager.chrome import ChromeDriverManager
from selenium.webdriver.chrome.service import Service
from selenium.webdriver import ChromeOptions
from selenium.webdriver.chrome.options import Options
import requests
import time
import shutil
chrome_options = Options()
# chrome_options.add_argument('--headless')
chrome_options.add_argument('--disable-gpu')
option = ChromeOptions()
option.add_experimental_option('excludeSwitcher', ['enable-automation'])
service = Service(executable_path=ChromeDriverManager().install())

# 设置工作路径
path=r"D:\知乎\Alphafold蛋白下载器"

os.chdir(path)
# 记录需要下载的蛋白的文件
file="test.txt"
with open(file,"r")as f:
    protein=f.readlines()
faild=""

for ID in protein:
    ID=ID.replace("\n","")
    print(ID+" is downloading!")
    url="https://alphafold.ebi.ac.uk/entry/"+ID
    driver = webdriver.Chrome(service=service, options=chrome_options)
    driver.set_page_load_timeout(1800)
    driver.get(url)
    try:
        driver.find_element(By.XPATH, "//*[@id=\"main-content-area\"]/app-entry/div[1]/div/app-summary-text/div/div[1]/div[2]/a[1]").click()
        time.sleep(10)
        driver.close()
        # 将下载的文件从浏览器默认的下载位置，转移到目标位置，默认的下载位置可以自己检查自己的计算机
        shutil.move(r"C:\Users\Administrator\Downloads\AF-"+ID+"-F1-model_v4.pdb",
                    r"D:\知乎\Alphafold蛋白下载器\\"+ID+".pdb")
        print(ID+" succeed!")
    except:
        print(ID+" download faild!")
        driver.close()
        faild=faild+ID+"\n"
with open("faild.txt","w") as df:
    df.write(faild)

需要准备的目标蛋白文件如上，注意蛋白后面不要有空格，一个蛋白一行，该ID由uniport网站导出。

下载结果

 

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