BOTTLENECK 软件

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软件文献https://academic.oup.com/jhered/article/90/4/502/860820
下载直接安装即可，最新版本version 1.2.02 (16.II.1999)，不知道有没有其他较新软件可用，或者软件只是基于某个基础理论供试进行计算的软件。

软件里的三个模型

输入格式

软件支持GENEPOP 格式

使用Genalex 可将Genalex可读格式转换为GENEPOP 格式，使用Genalex导出

软件界面

add date file 导入转换后GENEPOP 格式，选择变异模型 ，Go 即可
由于SSR位点的数量及数量限制选择不同的 mutation model,
少于20个位点使用 Wilcoxon’s test is the most appropriate
and powerful.
使用TPM
For most mi-crosatellites, the TPM (two-phase model)
is apparently even more appropriate than
the SMM

When using microsatellites we recom-
mend the TPM with 95% single-step mu-
tations and 5% multiple-step mutations

image.png

数据主要参考

image.png

不知道对不同突变模型的中文是什么。

SMM one-step stepwise mutation model 逐步突变模型，或单步突变模型
IAM: infinite allele model 无限等位基因模型， 或

image.png

以下论文
[1]杨胜林,徐龙鑫,杨海兵,李爱萍.中国5个矮马品种的瓶颈效应分析[J].中国畜牧兽医,2013,40(01):140-144.

位点多余20 使用 standardized differences test
少于20 使用 Wilcoxon’s test

现在是理解结果文件,结果文件是按不同群体进行划分内容的，一个群体一部分，群体内计算的是不同TEST下的不同模型的一些情况