Chip-seq分析笔记

目录

前言

一、软件安装

二、创建环境及安装软件

1.创建环境 chipseq

2.chipseq 环境下安装软件

三、具体分析步骤

1.数据来源

2.下载数据并重命名

3.fastq 文件转换（--sra-id 此步骤把 SRR 的名称改掉，加快运行速度，速度非常快）

4.质控

4.1 trim_galore

4.2 FastQC质控报告生成（旧的数据）

5.bowtie2比对(15min/file)

6.samtools sam 转换 bam

6.1view &sort

6.2 index

7.bamCoverage BW转换 bam 转换成 bw

8.IGV查看 bw文件 peak

9.MACS2 callpeak

10.MACS2 差异分析（2021-10-15 待完善）

11.Homer 分析 motif