MaxQuant的安装和使用（linux OR windows）

MaxQuant 是一款定量蛋白质组学软件包，支持多种标记定量和无标定量的质谱数据。

1. 安装

MaxQuant下载方式：

• 通过官网 下载，包括andromeda（搜索引擎）+viewer（检查原始数据、鉴定和定量结果）。
• 通过conda下载，详见下面代码。（linux安装时推荐使用该方法）

conda create -n maxquant
conda activate maxquant
conda install -c bioconda maxquant

maxquant --help    # 查看命令行参数

此外，官网还提供了Perseus软件，用于对MaxQuant输出进行统计分析。

2. 用法

2.1 命令行方式（linux）

通过以下任一方法生成配置文件。其中方法1需要人工修改较多地方，方法2仅需修改文件位置，更加方便，但需要注意使用相同版本GUI来产生配置文件。

# 方法1. 生成配置文件mqpar.xml
maxquant --create mqpar.xml
vi mqpar.xml
  #fastaFilePath (fasta文件)
  #...

# 方法2. 相同版本GUI保存参数文件，传输到linux

基于配置文件运行软件。

maxquant mqpar.xml

2.2 GUI方式（windows）

双击MaxQuant.exe，打开以下界面。红框为参数配置模块。

1) complete

Andromeda配置/Configuration（2）

• … > Modifications：修饰的增、改（3-10）
• … > Proteases: (11)
• ??? > Sequence databases: (12-13)

数据上传/Raw files (14)

• Load, Load folder: (15)
• Set*, Write*, Read*: 填表(16)

组特异参数/Group-specific parameters（17）

• Type: (19)
• Digestion: (20)
  • Digestion mode: (21)
  • Enzyme: (22)
  • Max. missed cleavages: (23)
• Modifications(24): Variable modifications(25); Max. number of modifications allowed per peptide (26);
• Label-free quantification(27): min. ratio count(28); Fast LFQ(29); Skip normalization(30)
• Instrument (31)
• First search: (32)
• Misc.(33): Re-quantify(34); Match type(35)???

全局参数/Global parameters (36)

• Sequences(37)
  • ADD(37):
  • Include contaminants(38): 将conf/contaminants.fasta中的蛋白添加到搜索数据库；
  • ??? > Fixed modifications(39):
  • Min. peptide length & Max. peptide mass (40)：设置鉴定肽的最短长度和最大质量；
  • Min. & Max. peptide lengths for unspecific (41)：设置非特异性搜索（即不使用消化酶）情况下的最小和最大肽段长度；
• Identification(42)
  • PSM FDR(43);
  • Protein FDR(44);
  • Site decoy fraction(45);
  • Min. (|razor+unique|unique) peptides(46);
  • Min. (delta)? score thresholds for (un)?modified peptides(47);
  • …
• Adv. Identification???(51)
• Protein quantification(55)
• Tables(66)
• Folder locations(67)
• Advanced(72)
• Number of threads(80)
• Start(81)

Performance(82)

2) minimal workflow

多数项目并不需要调整1)中的所有步骤和参数。此外，很少需要多个参数组。在对一组样本进行量化的同质实验设计中，只需执行以下步骤即可。

16.说明实验设计。
Parameter group能够设置不同的Group-specific parameters。Experiment说明LC-MS runs 属于哪个样本。

19.设置Type参数。

22.选择消化酶（默认：Trypsin）

25.选择Variable modifications

27.启用LFQ（如适用）

37.选择.fasta文件

39.选择Fixed modifications（默认Carbamidomethyl ©）

80.设置Number of threads参数

81.点击Start

参考

MaxQuant goes Linux
2018年，作者发布了MaxQuant的linux版本（1.6.1.0）。该版本主要依赖mono。

MaxQuant Doc
官方文档链接。

【6】蛋白质组学鉴定定量软件之MaxQuant
一篇MaxQuant的中文实践。