Linux-RepeatMasker&RepeatModeler安装

一、RepeatMasker安装

Download Page (repeatmasker.org)

Prerequisties

依赖软件：rmblast、trf、repeat database

1. conda可解决的安装——rmblast、trf

conda install rmblast rtf

2. RepeatMasker
   可在INSTALL说明文件查看安装步骤

#software目录下
wget http://repeatmasker.org/RepeatMasker/RepeatMasker-4.1.2-p1.tar.gz
tar -zxvf RepeatMasker-4.1.2-p1.tar.gz
cd RepeatMasker/
#下载repbase
#官网上的下载需要注册，可网上找一个资源下载
tar -zxvf RepBaseRepeatMaskerEdition-20181026.tar.gz
perl ./configure

后面就是比较简单的回车操作
①（告知rtf位置）which trf命令可获取
②（配置搜索引擎）选择2(RMblast)→5(Done)
完成后，会生成一个RepeatMasker文件

./RepeatMasker

image.png

若出现这个界面即为安装成功
如果出现缺失xxx模块的错误提示，可用

#注意模块如果是大写 需要改为小写
conda install perl-xxx

之后就是将软件添加进环境变量

二、RepeatModeler安装

prerequisties

optional

1. conda可解决安装

conda install recon RepeatScout MAFFT CD-HIT
conda install -c bioconda ltr_retriever

2. genome-tools

 wget https://github.com/genometools/genometools/archive/refs/tags/v1.6.2.tar.gz
tar -zxvf v1.6.2.tar.gz
cd genometools-1.6.2
less INSTALL

genometools-INSTALL

#threads=yes(repeatmodeler官网说明),-j4(genometools GitHub网站说明)
 make 64bit=yes threads=yes cairo=no -j4

3.Ninja

wget https://github.com/TravisWheelerLab/NINJA/archive/refs/tags/0.98-cluster_only.tar.gz
cd 
less README

Ninja-Readme

make all
#然后添加进环境变量就可以了

4. RepeatModeler

wget http://repeatmasker.org/RepeatModeler/RepeatModeler-2.0.3.tar.gz
cd RepeatModeler-2.0.3
perl ./configure

在这里配置的时候，我的系统提示出现了错误

devel::size

conda install -c bioconda perl-devel-size

perl ./configure
#一路回车，但又碰到了错误
#需要下载UCSC-tools 为了方便用conda安装
conda install -c bioconda ucsc-twobittofa
conda install -c bioconda ucsc-twobitinfo
conda install -c bioconda ucsc-fatotwobit

后面就是一系列相关依赖软件的路径设置，基本都能找到，找不到就输一下就行啦

./RepeatModeler
#最后运行一下，安装成功!