openslide matlab,ubuntu安装openslide-matlab
跑全扫描图像需要用到openslide这个包，底层是用C语言写的，这里是openslide-python的安装以及详解：
首先下载openslide-matlab的包，github上有https://github.com/fordanic/openslide-matlab
解压用matlab运行openslide_load_library.m这个文件，我出现了这个错误
libopenslide.so.0 not available on the MATLAB path\n
解决办法
首先在终端找到libopenslide.so.0这个文件
locate libopenslide.so.0
于是能得到文件的位置
我的位置是在/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libopenslide.so.0
然后将openslide_load_library.m中的第45行的
libName = libopenslide.so.0 改成
[python] view plain copy
libName =('/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libopenslide.so.0');
然后继续运行openslide_load_library.m这个文件，可能又出现类似的错误，matlab的which()这个语句不咋地，
将下面一行的 which(libName)直接改成
'/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libopenslide.so.0'
然后继续运行openslide_load_library.m这个文件
openslide.h not available on the MATLAB path这个错误
继续在终端运行
locate openslide.h
这时候应该能发现openslide.h文件在的位置，
将第53行openslideHeaderLocation = which('openslide.h');这一句改成
openslideHeaderLocation = ('/home/hjxu/openslide-3.4.1/src/openslide.h');
目前安装就已经结束了，但是我出现了一个问题
我的机器里没有openslide.h这个文件，locate找不到位置，思前想后，可能我在安装openslide-python的时候是用命令安装的，所以找不到这个文件
重新安装openslide-python这个包，下载地址http://openslide.org/download/
下载的是3.4.1，根据readme显示
cd openslide-3.4.1/
sudo ./configure
会检查一些需要的库，我缺少了openjpeg这个库，安装指南https://github.com/uclouvain/openjpeg/blob/master/INSTALL.md
首先得下载https://github.com/uclouvain/openjpeg/releases/tag/v2.1.2
然后根据安装指南
To build the library, type from source tree directory:
mkdir build
cd build
cmake ..
make
Binaries are then located in the 'bin' directory.
To install the library, type with root privileges:
make install
make clean
To build the html documentation, you need doxygen to be installed on your system.It will create an "html" directory in TOP_LEVEL/build/doc)
make doc
然后再
cd openslide-3.4.1/
sudo ./configure
提示缺少No package 'sqlite3' found
安装splite3
sudo apt-get install sqlite sqlite3
然后就ok了，这时候再locate openslide.h就能发现位置了，我的位置是在
/home/hjxu/openslide-3.4.1/src/openslide.h
然后更改openslide_load_library.m
将第53行openslideHeaderLocation = which('openslide.h');这一句改成
openslideHeaderLocation = ('/home/hjxu/openslide-3.4.1/src/openslide.h');
再运行openslide_load_library.m就OK了
可以尝试运行openslide_example.m 不报错就可以了。