GWAS软件：GEMMA的安装和使用教程

GCTA和GEMMA是GWAS分析中应用最广泛的两款软件，GCTA可以在​Windows电脑下运行，而GEMMA软件只有Linux和Mac系统，这里介绍一下如何在Linux系统中安装GEMMA软件。

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1. GEMMA名字来源

GEMMA名称来源：

G： Genome-wide
E：Efficient
MM：Mixed-model
A：Association

2. GEMMA下载地址

GEMMA的github地址：https://github.com/genetics-statistics/GEMMA/releases

最新版的是0.98.5

3. 下载安装

第一种方法，在github手动下载，然后上传到Linux系统重：

第二种，使用wget直接下载到Linux系统中：

wget https://github.com/genetics-statistics/GEMMA/releases/download/v0.98.5/gemma-0.98.5-linux-static-AMD64.gz

解压：

gzip -d gemma-0.98.5-linux-static-AMD64.gz 
chmod +x gemma-0.98.5-linux-static-AMD64 

4. 软件测试

运行软件，查看帮助文档。

./gemma-0.98.5-linux-static-AMD64

./gemma-0.98.5-linux-static-AMD64 -h 1

5. 运行GWAS教程中的数据

用data3中的数据：

把数据上传到Linux系统中，进入数据，运行下面代码：

../gemma-0.98.5-linux-static-AMD64 -bfile c -p p.txt -c c.txt -lm 1

在Result文件夹中，查看结果：

上面代码是用GEMMA用GLM模型进行的GWAS分析。

6. 软件和示例数据下载

公众号后台回复：“GEMMA”，获得下载链接。