木舟总结 |2021年推文笔记分类汇总

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高分文章图表复现系列

• (免费教程+代码领取)|跟着Cell学作图系列合集

1. 跟着CELL学作图|1.火山图
2. 跟着Cell学作图 | 2.柱状图+误差棒+散点+差异显著性检验
3. 跟着 Cell 学作图 | 3.箱线图+散点+差异显著性检验
4. 跟着 Cell 学作图 | 4.小提琴图
5. 跟着Cell学作图 | 5.UMAP降维分析
6. 跟着Cell学作图 | 6.时间序列分析(Mfuzz包)
7. 跟着Cell学作图|7.富集分析(Metascape数据库)
8. 跟着Cell学作图|8.富集分析网络图(Cytoscape/ClueGO)
9. 跟着Cell学作图|9.PPI分析(GeNets数据库)
10. 跟着Cell学作图|10.复杂热图
11. 跟着Cell学作图| 11.Ingenuity Pathway Analysis(IPA)
12. 跟着Cell学作图 | 12.韦恩图(Vennerable包)
13. 跟着Cell学作图 | 13.随机森林分类及其可视化(R包randomForest)
14. 跟着Nature学作图 | 配对哑铃图+分组拟合曲线+分类变量热图
15. 跟着Nat Commun学作图 | 1.批量箱线图+散点+差异分析
16. 跟着Nat Commun学作图 | 2.时间线图
17. 跟着Nat Commun学作图 | 3.物种丰度堆积柱状图
18. 跟着Nat Commun学作图 | 4.配对箱线图+差异分析
19. R实战 | 对称云雨图 + 箱线图 + 配对散点 + 误差棒图 +均值连线

R实战

1. R绘图实战|GSEA富集分析图
2. R绘图| Kaplan-Meier曲线及美化
3. 番外 |使用ComplexHeatmap绘制围棋盘
4. 主成分分析(PCA)及其可视化的基础指南
5. 答疑| ggplot 绘制火山图并添加文字标签
6. 单组学的多变量分析|1.PCA和PLS-DA
7. 单组学的多变量分析| 2.稀疏偏最小二乘判别分析（sPLS-DA）
8. R实战 | 文章第一表:三线表的绘制
9. Q&A | 如何用R批量绘制并导出生存曲线图
10. Q&A | R做生存分析如何取最佳cutoff(截断)
11. R实战 | OPLS-DA（正交偏最小二乘判别分析)筛选差异变量(VIP)及其可视化
12. R 实战 | 使用clusterProfiler进行多组基因富集分析
13. R实战 | 利用upset展示实验设计分组(ggupset)
14. Q&A | 如何使用clusterProfiler对MSigDB数据库进行富集分析
15. R实战|卡方检验及其可视化

R包指南

1. ggsci | 让你的配色Nature化
2. ggpubr|让数据可视化更加优雅
3. ggcorrplot | 简单的相关性热图绘制
4. survminer | 生存分析及其可视化
5. 使用ComplexHeatmap绘制复杂热图|Note1:简介
6. 使用ComplexHeatmap绘制复杂热图|Note2:单个热图(上）
7. 使用ComplexHeatmap绘制复杂热图|Note2:单个热图(万字超详细教程）
8. ggcor | 相关分析和可视化的扩展工具
9. WGCNA 简明指南|1. 基因共表达网络构建及模块识别
10. WGCNA 简明指南|2. 模块与性状关联分析并识别重要基因
11. WGCNA 简明指南|3.使用WGCNA实现网络可视化
12. 单细胞转录组|Seurat 4.0 使用指南

《R数据科学》学习笔记

1. 《R数据科学》学习笔记|Note1:绪论
2. 《R数据科学》学习笔记|Note2:使用ggplot2进行数据可视化(上）
3. 《R数据科学》学习笔记|Note3:使用ggplot2进行数据可视化(下）
4. 《R数据科学》学习笔记|Note4:使用dplyr进行数据转换(上）
5. 《R数据科学》学习笔记|Note5:使用dplyr进行数据转换(下）
6. 《R数据科学》学习笔记|Note6:使用tibble实现简单数据框
7. 《R数据科学》学习笔记|Note7:使用readr进行数据导入
8. 《R数据科学》学习笔记|Note8:使用dplyr处理关系数据
9. 《R数据科学》学习笔记|Note9:使用stringr处理字符串(上）
10. 《R数据科学》学习笔记|Note10:使用stringr处理字符串(下）
11. 《R数据科学》学习笔记|Note11:使用forcats处理因子
12. 《R数据科学》学习笔记|Note12:使用magrittr进行管道操作
13. 《R数据科学》学习笔记|Note13:函数
14. 《R数据科学》学习笔记|Note14:向量
15. 《R数据科学》学习笔记|Note15:使用purrr实现迭代(上)
16. 《R数据科学》学习笔记|Note16:使用purrr实现迭代(下)

R语言基础

1. aggregate | 在R中进行分组统计
2. apply | R中函数的简单循环
3. R 中几个常见的合并数据集方法
4. R 中几个常见的数据重塑函数
5. R 中的 IF, ELSE, ELSE IF 语句的简单用法
6. R绘图基础指南 | 1.条形图
7. R绘图基础指南 | 2.折线图
8. R绘图基础指南 | 3. 散点图(一)
9. R绘图基础指南 | 3. 散点图(二)
10. R绘图基础指南 | 3. 散点图(三)

读文献

1. 文献解读|2019-nCoV感染后胆管细胞特异性ACE2表达可能导致肝损伤
2. Cell | SnapShot:微生物群对宿主生理的影响.
3. Nat Commun&JAMA INTERN MED|浅析两篇LASSO+Logistic/Cox 套路文章
4. 文献解读|柳叶刀：基于机器学习的急性冠脉综合征不良事件预测：一项汇集数据集的建模研究
5. 文献分享|代谢组学分析揭示了新冠肺炎的阶段性特征
6. Nature Reviews Genetics | 在基因组学中应用机器学习的常见陷阱
7. 分享一篇 Science 里不同批次的单细胞数据整合及批次校正方法

机器学习基础

1. 零基础"机器学习"自学笔记|Note1:机器学习绪论
2. 零基础"机器学习"自学笔记|Note2:单变量线性回归
3. 零基础"机器学习"自学笔记|Note3:梯度下降法
4. 零基础"机器学习"自学笔记|Note4:线性代数回顾
5. 零基础"机器学习"自学笔记|Note5:多变量线性回归
6. 零基础"机器学习"自学笔记|Note6:正规方程及其推导(内附详细推导过程)
7. 零基础"机器学习"自学笔记|Note7:逻辑回归
8. 零基础"机器学习"自学笔记|Note8:正则化

其它

• Github项目笔记|学习正则表达式的简单方法

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