根据基因location获取基因ID

方法一

参考这个答案

方法二

#hg19版本
#source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
#biocLite("Homo.sapiens")
#BiocManager::install("TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene")
#https://www.biostars.org/p/167818/ 
library(Homo.sapiens)
library(dplyr)
library(TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene)
genes(TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene)
rt<-read.table("macs.out.txt",header = T,skip=16,sep = "\t") #skip了16行
mycoords.gr<-rt[,1:3]  %>% makeGRangesFromDataFrame # 前三列为chr 、 start、 end，构建符合条件数据结构
geneid<-subsetByOverlaps(genes(TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene), mycoords.gr) #获取基因id
write.csv(geneid,"geneid.csv")#输出结果