用maftools一行代码画出瀑布图

本文首发于微信公众号：生物信息学习

昨天本科的一个师姐问我关于瀑布图的画法，想要画个瀑布图，问我有没有有什么工具可以画的，目标图如下：

image.png

于是给师姐介绍了maftools这个R包，这个R包功能非常强大，可以做各种各样的图，今天就拿瀑布图为例，一行代码就可以画出瀑布图。

 library(maftools)
 laml.maf <- system.file("extdata", "tcga_laml.maf.gz", package = "maftools") laml <- read.maf(maf = laml.maf) 

maftools包自带测试数据LAML的MAF文件

image.png

做cancer的应该知道每个表示什么意思。

missense_mutation:错义突变 frame_shift_del：移码缺失突变 nonsense_mutation：无义突变 frame_shift_ins：移码插入突变 splice_site：剪接位点 in_frame_ins：inframe插入 in_frame_del：inframe缺失 translation_start_site:转录起始位点 nonstop_mutation：终止密码子突变 

对数据做summay的各种图形，通过一行代码即可画出。

plotmafSummary(maf=laml) 

最终图形展示：

image.png

当然可以通过参数来对图形做设置修改。
而瀑布图的做法更简单了，也是一行代码：

oncoplot(maf = laml) 

最终图形展示：

image.png

如何画出某个pathway上oncogene的突变频率呢？也是一行代码解决。

PlotOncogenicPathways(maf = laml,pathways="RTK-RAS") 

image.png

maftools还有更多的功能用法，欢迎大家投稿分享。或者大家有在线版做瀑布图的网站，欢迎分享。