用conda配置Lin环境

背景：在我尝试安装一个蛋白质序列注释工具时，遇到了包冲突的问题，检索发现推荐用conda单独为该软件配置一个环境。下面介绍利用chatgpt搜索到的知识并记录我的操作。

1 Linux环境与Conda环境的概念：

Linux环境：Linux是一种开源的操作系统内核，被广泛用于服务器、嵌入式系统和科学计算等领域。它提供了一个稳定和可靠的操作环境，支持多用户、多任务和多进程，并具有强大的命令行工具和软件包管理系统。

Conda环境：Conda是一个跨平台的环境管理系统和软件包管理器，用于在Linux、Windows和macOS等操作系统上创建和管理虚拟环境。虚拟环境是隔离的工作区，允许你在不同的环境中安装和管理软件包，以满足不同项目或应用的需求。Conda还提供了软件包的依赖解析和管理功能，使得环境配置更加简单和可靠。

2 创建、删除和配置一个新环境：

创建环境：使用conda create命令创建一个新的环境，并指定环境的名称和可选的软件包依赖。

conda create --name myenv python=3.8

激活环境：在安装和使用环境中的软件包之前，需要激活环境。激活环境会修改终端会话的环境变量，使得环境中的软件包可用。

source activate myenv

配置环境：在激活的环境中，你可以使用conda install命令安装软件包，并使用conda update命令更新环境中的软件包。你还可以使用conda env list查看当前存在的环境列表，并使用conda env remove命令删除不需要的环境。

conda install <package_name>
conda update <package_name>
conda env list
conda env remove --name myenv

关闭当前环境：

conda deactivate

这些操作可以帮助你创建、删除和配置新环境，以满足不同项目的需求，并保持环境的隔离和整洁。

3 我的新环境

软件依赖：

Python 3.7 (or greater)
BioPython 1.76 (python package) (BioPython 1.78 should work since emapper version 2.1.7)
psutil 5.7.0 (python package)
xlsxwriter 1.4.3 (python package), only if using the option--excel
wget (linux command, required for downloading the eggNOG-mapper databases with , and to create new Diamond/MMseqs2 databases with download_eggnog_data.pycreate_dbs.py)
sqlite (>=3.8.2)

尝试运行

conda creat -n eggNOG python=3.8 BioPython=1.76 psutil=5.7.0 xlsxwriter=1.4.3  wget sqlite=3.8.2
#报错
PackagesNotFoundError: The following packages are not available from current channels:

  - sqlite=3.8.2

先安装python=3.8解释器

conda creat -n eggNOG python=3.8
#提示要安装以下包：
The following packages will be downloaded:

   package                    |            build
   ---------------------------|-----------------
   libffi-3.4.4               |       h6a678d5_0         142 KB  defaults
   pip-23.0.1                 |   py38h06a4308_0         2.5 MB  defaults
   python-3.8.16              |       h7a1cb2a_3        23.7 MB  defaults
   setuptools-67.8.0          |   py38h06a4308_0         1.0 MB  defaults
   sqlite-3.41.2              |       h5eee18b_0         1.2 MB  defaults
   wheel-0.38.4               |   py38h06a4308_0          63 KB  defaults
   xz-5.4.2                   |       h5eee18b_0         642 KB  defaults
   ------------------------------------------------------------
                                          Total:        29.2 MB
以下是新建环境时安装的包
The following NEW packages will be INSTALLED:

 _libgcc_mutex      anaconda/pkgs/main/linux-64::_libgcc_mutex-0.1-main
 _openmp_mutex      anaconda/pkgs/main/linux-64::_openmp_mutex-5.1-1_gnu
 ca-certificates    anaconda/pkgs/main/linux-64::ca-certificates-2023.01.10-h06a4308_0
 ld_impl_linux-64   anaconda/pkgs/main/linux-64::ld_impl_linux-64-2.38-h1181459_1
 libffi             anaconda/pkgs/main/linux-64::libffi-3.4.4-h6a678d5_0
 libgcc-ng          anaconda/pkgs/main/linux-64::libgcc-ng-11.2.0-h1234567_1
 libgomp            anaconda/pkgs/main/linux-64::libgomp-11.2.0-h1234567_1
 libstdcxx-ng       anaconda/pkgs/main/linux-64::libstdcxx-ng-11.2.0-h1234567_1
 ncurses            anaconda/pkgs/main/linux-64::ncurses-6.4-h6a678d5_0
 openssl            anaconda/pkgs/main/linux-64::openssl-1.1.1t-h7f8727e_0
 pip                anaconda/pkgs/main/linux-64::pip-23.0.1-py38h06a4308_0
 python             anaconda/pkgs/main/linux-64::python-3.8.16-h7a1cb2a_3
 readline           anaconda/pkgs/main/linux-64::readline-8.2-h5eee18b_0
 setuptools         anaconda/pkgs/main/linux-64::setuptools-67.8.0-py38h06a4308_0
 sqlite             anaconda/pkgs/main/linux-64::sqlite-3.41.2-h5eee18b_0
 tk                 anaconda/pkgs/main/linux-64::tk-8.6.12-h1ccaba5_0
 wheel              anaconda/pkgs/main/linux-64::wheel-0.38.4-py38h06a4308_0
 xz                 anaconda/pkgs/main/linux-64::xz-5.4.2-h5eee18b_0
 zlib               anaconda/pkgs/main/linux-64::zlib-1.2.13-h5eee18b_0

检查发现没有 BioPython=1.76 psutil=5.7.0 xlsxwriter=1.4.3 wget 这几个包，有sqlite=3.8.2包但是不符合要求。
需要向环境中安装包.

服务器中的conda配置

默认启动shell时是不激活conda的，所以当需要使用conda安装的软件时，需要以下命令：

source ~/anaconda3/bin/activate

为有些软件单独设置了环境，启动时需要激活响应的环境

conda activate eggNOG

关闭环境

conda deactivate

查看环境列表

conda env list