2021-05-23-Day3-Linux安装软件-zhw

Linux环境下安装软件步骤

1.什么是conda和miniconda：

conda：是一个开源的软件包管理系统和环境管理系统， 是为 Python 程序创建的，适用于 Linux，OS X 和Windows，也可以打包和分发其他软件。
miniconda：只包含了conda、python和一些必备的软件工具，是anaconda的精简版。

2.安装miniconda：

a. 下载软件包：根据自己服务器的配置，选择性的下载miniconda软件包
uname -a #查看Linux服务器是多少位的
b. 在百度上搜索“miniconda 清华”，进入清华的conda镜像网站下载合适服务器版本的miniconda安装包

mkdir ~/biosoft
cd ~/biosoft
wget -c https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh  #wget命令下载软件包

c. 安装miniconda：

bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
enter #安装过程需要确认，点击enter键
yes   #安装最后需要输入yes

d. 激活conda：
soucre ~/.bashrc
e. 设置conda国内镜像(为了安装软件更为快捷)

#设置清华镜像(首选)
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes

f. 切换其它镜像(有的时候清华镜像会失联)

rm ~/.condarc
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --set show_channel_urls yes

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到此为止miniconda安装和设置完成，可以开始安装软件了

1. 先看看conda自己装了那些软件
   conda list
2. 从conda中搜索是否含有你想安装的软件
   conda search fastqc # 以fastqc软件为例，“fastqc”可以替换成你想要安装的软件的名称
3. 开始正式安装软件

conda install fastqc -y # 以fastqc软件为例，“fastqc”可以替换成你想要安装的软件的名称, 其中 -y 参数是指在安装过程中全部回答为yes
conda install fastqc=0.11.7 -y #指定fastqc的软件版本

4. 安装之后如何卸载
   conda remove fastqc

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如何利用conda给软件创建运行环境？

不同的软件运行的python环境不同，有时候需要在服务器中安装不同版本的python

查看conda已有的环境
conda info --env
创建新的运行环境同时安装软件
conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y #创建环境的名称是rna-seq，python版本采用3，同时安装fastqc和trimmomatic软件
激活创建的运行环境

conda info --env #查看已安装的环境
conda activate rna-seq #激活名称为rna-seq的运行环境
conda deactivate #退出当前运行环境

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这几天连续学习，收获颇丰