16S和ITS(internal transcribed spacer)

一、16S

16SrRNA为核糖体的RNA的一个亚基，16SrDNA就是编码该亚基的基因。细菌rRNA（核糖体RNA）按沉降系数分为3种，分别为5S、16S和23S rRNA。16S rDNA是细菌染色体上编码 rRNA相对应的DNA序列，存在于所有细菌染色体基因中。其种类少，含量大（约占细菌DNA含量的80%），分子大小适中，存在于所有的生物中，其进化具有良好的时钟性质，在结构与功能上具有高度的保守性，素有“细菌化石”之称。在大多数原核生物中rDNA都具有多个拷贝，5S、16S、23S rDNA的拷贝数相同。16S rDNA由于大小适中，约1.5Kb左右，既能体现不同菌属之间的差异，又能利用测序技术较容易地得到其序列，故被细菌学家和分类学家接受。

16S中的"S"是一个沉降系数，亦即反映生物大分子在离心场中向下沉降速度的一个指标，值越高，说明分子越大。 rDNA 和rRNA中的小写字母"r"是ribosome(核糖体)的缩写。 rDNA指的是基因组中编码核糖体RNA（rRNA）分子的对应的DNA序列，也就是编码16S rRNA的基因。 rRNA指的是rDNA的转录产物，它是构成核糖体的重要成分，核糖体由许多小的rRNA分子组装而成，16S rRNA是其中一个组件. 一般所分析的对象都是16s rDNA，因为DNA提取容易，也比较稳定。

二、ITS

在真核生物中，核糖体DNA是由核糖体基因及与之相邻的间隔区组成,其基因组序列从5’到3’依次为: 

外部转录间隔区( external transcribed spacer,ETS) 、18S基因、内部转录间隔区1 ( internal transcribed spacer , ITS1 ) 、5. 8S基因、内部转录间隔区2( ITS2 ) 、28S基因和基因间隔序列( intergenic spacer, IGS)。核糖体DNA中的18S、5. 8S和28S的基因组序列在大多数生物中趋于保守,在生物种间变化小,而内转录间隔区ITS1 和ITS2作为非编码区,承受的选择压力较小,相对变化较大,并且能够提供详尽的系统学分析所需要的可遗传性状。在 rDNA 基因中，5.8S rDNA 和 28S rDNA 基因间隔序列称为（ITS）。