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【实战】circleplot展示GO富集分析结果—附R代码

上一期给大家简单介绍了

☞ circleplot展示GO富集分析结果

今天我们用前面讲差异表达分析时，用到的TCGA数据库中的CHOL这套数据的差异表达分析结果来举例。TCGA数据差异表达分析可以参考前面的文章。

☞ R代码TCGA差异表达分析

☞ 零代码TCGA差异表达分析

当然circleplot这个函数，对于GEO数据库中的数据，也同样适用。只需要得到相应的差异表达分析结果就可以。GEO中数据差异表达分析可以参考前面的文章。

☞ 零代码差异表达分析工具：GEO2R

☞ GEO芯片数据差异表达分析

如果我们仔细研究circle_dat这个函数，你会发现。这个函数对差异表达分析的结果，要求其实很简单。只需要包含两列，第一列是基因的名字，第二列是差异表达分析的倍数改变logFC。☞circleplot展示GO富集分析结果文中，我们给出了一个例子

而对GO富集分析结果的要求也仅限于，包含category(BP,MF,CC)，ID:GO号，term:GO条目的具体名称，富集分析矫正之后的p-value，还有富集到每个GO条目上的具体的基因名称。☞circleplot展示GO富集分析结果文中，我们也给出了一个例子。其实DAVID富集分析也可以得到类似的结果。

☞基因富集工具DAVID介绍（四）-GO富集分析及柱形图展示

因此我们只需要将自己差异表达分析得到的结果，格式处理成circle_dat需要的格式。然后进行GO富集分析，将GO富集分析的结果也处理成circle_dat需要的格式即可。

完整GO富集分析+数据格式处理+circleplot的R代码+详细注释☟☟☟

【实战】circleplot展示GO富集分析结果—附R代码

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