大结果集SQL引发的ClickHouse空闲超时

一、 问题现象

1. java报错

业务反馈查询遇到java报错，并且反复尝试都在同一个语句遇到相同报错

Code:[DBUtilErrorCode-06], Description:[执行数据库 Sql 失败, 请检查您的配置的 column/table/where/querySql或者向 DBA 寻求帮助.].
执行的SQL为: select id,...,create_time from mytabs where (create_time >= '2022-10-31 07:05:00') 
具体错误信息为：java.sql.SQLException: java.io.IOException: Reached end of input stream after reading 42 of 104 bytes

JDBC连接串为 jdbc:clickhouse://xxxx:8123/mydb?socket_timeout=300000

检查当时DB负载很低，尝试手动该查询不报错，但数据量很大，将近3000万行。由于影响到生产业务，联系阿里云后台共同排查。

2. clickhouse后台报错

由于以上为java报错，无法排查，查询query_log查看其在中对应报错

select * from clusterAllReplicas(default,system,query_log) where query like '%create_time from mytabs where (create_time >= \'2022-10-31 07:05:00\')%' order by event_time desc limit 5;

 

或者

select _shard_num, * from clusterAllReplicas(default, system, query_log) where exception_code > 0 and exception_code not in (13009, 341) and http_user_agent='ClickHouse Java Client' order by event_time desc limit 5 format Vertical;

发现出现了两类报错：

• Connection reset by peer,while reading from socket... 报错相关函数为 ReadBufferFromPocoSocket
• Timeout exceeded while writing to socket... 报错相关函数为 WriteBufferFromPocoSocket

推测该报错与socket timeout有关，并且由业务方提供的jdbc连接串 jdbc:clickhouse://xxxx:8123/mydb?socket_timeout=300000  可以看到，设置了socket_timeout=300000

关于 socket_timeout 的介绍如下  JDBC 中 socketTimeout 的作用 - 范兵 - 博客园

但是，报错的语句是一个select * 的查询，而不是聚合分析语句，并且手动执行很快也有数据返回，不太符合上面的情况。

二、 报错排查

1. 业务场景

       跟开发了解到该业务是一个数据同步场景，利用数据同步工具（jdbc程序）从ch查询数据，同步（按主键update）到 pg。

       由于select总结果集将近3000万行数据，jdbc不可能是一次取完，并且取出后的结果需要到目标库按主键update，怀疑是目标端处理速度较慢，引起了socket timeout。

       恰好开发反馈，将目标库处理方式改为插入至新表而非逐行update后，该请求可以执行成功。另外开发发现，ch中的表数据量有将近3000万行数据，而pg中的目标表只有60多万行数据，相差非常大。而对ch中的表按主键去重后，实际也只有60多万行数据。

       由此可以得到一个优化方案：ch端的查询改为按主键group by，只取最新值同步到pg，可以将同步数据量由3000万大幅降低至60万，同时减少同步时间和各端负载。

      以上发现加大了对目标端处理速度问题的怀疑。

2. ch后台debug日志

在 13:44:23到14:30:51，开发再次执行该语句并遇到报错，阿里云查询后台debug日志如下：

主查询节点日志

关键信息：

• 13:44:23 从分布式表 mytabs 读取5848758 行数据
• 14:30:51 报错 Connection reset by peer, while reading from socket

2022.11.04 13:44:23.746012 [ 6247 ] {be8a2988-a624-4adb-b220-2794adce016c} executeQuery: (from xxxx:44810, user: xxx) select id,...,create_time from mytabs where (create_time >= '2022-10-31 07:05:00')
2022.11.04 13:44:23.747047 [ 6247 ] {be8a2988-a624-4adb-b220-2794adce016c} mytabs_local (SelectExecutor): Key condition: (column 0 in [1667171100, +inf))
2022.11.04 13:44:23.747061 [ 6247 ] {be8a2988-a624-4adb-b220-2794adce016c} mytabs_local (SelectExecutor): MinMax index condition: unknown
2022.11.04 13:44:23.747388 [ 6247 ] {be8a2988-a624-4adb-b220-2794adce016c} mytabs_local (SelectExecutor): Selected 12 parts by date, 10 parts by key, 776 marks by primary key, 776 marks to read from 10 ranges
2022.11.04 13:44:23.747808 [ 6247 ] {be8a2988-a624-4adb-b220-2794adce016c} mytabs_local (SelectExecutor): Reading approx. 5848758 rows with 15 streams
2022.11.04 14:30:51.968534 [ 6247 ] {be8a2988-a624-4adb-b220-2794adce016c} executeQuery: Code: 210, e.displayText() = DB::NetException: Connection reset by peer, while reading from socket (xxx:3003): while receiving packet from xxx:3003: While executing Remote (version 20.8.17.25) (from xxx:44810) (in query: select id,...,create_time from mytabs where (create_time >= '2022-10-31 07:05:00')), Stack trace (when copying this message, always include the lines below):
2022.11.04 14:30:51.974662 [ 6247 ] {be8a2988-a624-4adb-b220-2794adce016c} DynamicQueryHandler: Code: 210, e.displayText() = DB::NetException: Connection reset by peer, while reading from socket (xxx:3003): while receiving packet from xxx:3003: While executing Remote, Stack trace (when copying this message, always include the lines below):
2022.11.04 14:30:51.974884 [ 6247 ] {be8a2988-a624-4adb-b220-2794adce016c} MemoryTracker: Peak memory usage (for query): 313.65 MiB.

子查询节点日志

关键信息：

• 13:44:23 从本地表 mytabs_local 读取5871717 行数据
• 13:56:30 报错 Timeout exceeded while writing to socket

2022.11.04 13:44:23.750101 [ 6454 ] {40fe2280-7c75-48f7-ae20-d9f573179550}  executeQuery: (from xxx:62298, initial_query_id: be8a2988-a624-4adb-b220-2794adce016c) SELECT id, xxx, create_time FROM mytabs_local WHERE create_time >= '2022-10-31 07:05:00' 
2022.11.04 13:44:23.750946 [ 6454 ] {40fe2280-7c75-48f7-ae20-d9f573179550}  mytabs_local (SelectExecutor): Key condition: (column 0 in [1667171100, +inf)) 
2022.11.04 13:44:23.750961 [ 6454 ] {40fe2280-7c75-48f7-ae20-d9f573179550}  mytabs_local (SelectExecutor): MinMax index condition: unknown 
2022.11.04 13:44:23.751277 [ 6454 ] {40fe2280-7c75-48f7-ae20-d9f573179550}  mytabs_local (SelectExecutor): Selected 15 parts by date, 12 parts by key, 786 marks by primary key, 786 marks to read from 12 ranges 
2022.11.04 13:44:23.759369 [ 6454 ] {40fe2280-7c75-48f7-ae20-d9f573179550}  mytabs_local (SelectExecutor): Reading approx. 5871717 rows with 15 streams 
2022.11.04 13:56:30.605183 [ 6454 ] {40fe2280-7c75-48f7-ae20-d9f573179550}  executeQuery: Code: 209, e.displayText() = DB::NetException: Timeout exceeded while writing to socket (xxx:62298) (version 20.8.17.25) (from xxx:62298) (in query: SELECT id, xxx, create_time FROM mytabs_local WHERE create_time >= '2022-10-31 07:05:00'), Stack trace (when copying this message, always include the lines below): 
2022.11.04 13:56:56.520048 [ 6454 ] {40fe2280-7c75-48f7-ae20-d9f573179550}  MemoryTracker: Peak memory usage (for query): 323.68 MiB.

       SQL执行后，由分布式表发起一个对本地表的子查询，但是子查询节点12分钟后和主查询的节点连接断开了，当时资源和网络都没有很高。又过去34分钟后，主查询节点才发现这个连接断开了。也就是说，连接其实在第12分钟就断开了，但是在第40多分钟才返回报错给客户端。

       ch的查询结果是一个管道，jdbc客户端要不断取数据，直至把数据取完。而主查询也是在40多分钟的时候，JDBC来读数据，它再从子查询的pipelie读数据，才会发现连接断开了。也就是说jdbc取第一批数据去处理，处理了40多分钟，所以它40多分钟后才去要第二批数据。

三、 报错原因梳理

1. 当前的模式是业务层从jdbc中读取结果集，然后将结果集更新到pg中
2. 通过jdbc从ch中读取数据是流式的，ch中查询执行也是流式的，结果集更新到pg这步耗时很长
3. 导致ch root server的tcp receive_queue满且没有一直不被消费，进而导致其他child server的tcp send_queue满，write() syscall 被block，时间超过tcp协议栈的send_timeout配置，进而报错write timed out，并且TCP协议栈主动将root server到child server的tcp连接重置
4. 当最终root server的tcp receive_queue中的数据被消费走之后，root server再次联系child server进行数据读取，发现该连接已经被重置，所以报错connection reset。
5. 简单说就是tcp connection是一个通道，业务层jdbc不读数据，server端就写不进去，导致write syscall超时。

如下图所示

 

四、 补充说明

1. 优化方案

        建议ch端的查询改为按主键group by，只取最新值同步到pg，可以将同步数据量由3000万大幅降低至60万，同时减少同步时间和各端负载

2. 调整jdbc socket_timeout能否解决

        由于本次报错首先并不发生在jdbc端，因此调整jdbc socket_timeout并不解决该问题

3. 单副本实例会有这个问题吗

        ch的 send_timeout 与 receive_timeout 存在于client与server端之间，不仅限于分布式表与local表间，因此单副本模式同样可能出现该问题

4. 为什么query_log中既有read报错又有write报错

• Connection reset by peer,while reading from socket...
• Timeout exceeded while writing to socket...

上图中的root server和child server两端都可以关闭tcp连接：

• 如果root server先关了，child server去写就报write错误
• 如果child server先关了，root server去读就报read错误

参考

https://clickhouse.com/docs/en/operations/settings/settings/#connect-timeout-receive-timeout-send-timeout

ClickHouse 源码阅读 —— SQL的前世今生-阿里云开发者社区

ClickHouse源码阅读(0000 1001) —— CK Server对SQL的处理 | 码农家园

ClickHouse源码阅读(0000 1100) —— TCPHandler.cpp中的in和out分析_B_e_a_u_tiful1205的博客-CSDN博客

ClickHouse源码阅读(0000 1011) —— ClickHouse Client端如何接收Server端发送回来的数据_B_e_a_u_tiful1205的博客-CSDN博客