高效数据存储格式Parquet

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Parquet是什么

为什么使用Parquet

Parquet为什么快

如何使用Parquet

Best Practice

Reference

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Parquet是什么

        Parquet是一种为了对表格型数据实现高性能IO所设计的数据文件格式，其使用高效的压缩算法和数据编码方式，实现数据的精简，从而减少数据IO，同时提高性能。其同时是开源的，多种语言都实现了Parquet的包，可以直接使用，比如python。

为什么使用Parquet

        Parquet因为其出色的IO性能，受到了广泛的使用，并且越来越流行。其适合作为存储大量的原始数据，作为数据湖的基本数据格式，因为其不仅有出色的IO性能，同时也需要很少的磁盘空间。博主用Parquet和CSV以及HDF5做过对比，对于相同的数据，无论是IO性能还是磁盘空间，Parquet都显著由于CSV和HDF5，尤其相对于CSV，Parquet默认的压缩算法只使用了CSV四分之一的空间，而且数据读取性能可以提升200倍左右（仅是博主自己的测试数据，可能还更高）。而且相比于feather这种轻量级的数据格式，Parquet在IO性能和空间占用也毫不逊色，更关键的是，Parquet还可以使用数据集(Dataset)功能实现层级数据管理，以及读取时的数据行和列的过滤功能，不失灵活性。

        此外，数据格式是独立的，不依赖任何的编程语言，即同一个Parquet文件，可以用不同的编程语言的相应的库直接使用，从而利于数据的分享。

Parquet为什么快

        Parquet的高性能源于其独特的数据结构、存储方式、数据编码和压缩算法。

        Parquet采用网格方式存储数据。数据存储方式有列向、行向以及网格，列向存储把同列数据放在连续的磁盘空间中，因此对列的过滤读取是相对高效的；同理，行向存储把同一行的数据保存在磁盘的连续空间中，因此对行的过滤读取相对高效；Parquet是网格存储，即先将一定大小的行作为一个row group，然后这个row group中的每列作为一个column chunk，逐个column chunk存储，同时Parquet使用了metadata，用以描述数据，可以更加高效的对数据进行处理和解析。

图片来自[4]

        Parquet还使用了字典编码，以及RLE编码(Run Length Encoding)，将数据值映射成数字，然后保存一个字典映射，同时记录某个值连续重复的次数，这样不用反复的保存一些占用空间较大的数据，特别是对于字符类型的数据，这种方式尤其对于重复值较多的chunk，非常高效，实际上我们的表格数据经常某些列具有较多的重复数据。因此，Parquet的这些编码方式，可以高效的节省空间，减少实际数据的IO，但是需要更多的metadata的解析，将IO密集部分变成了CPU密集的工作，CPU当然快多了。这些是Parquet如此高效的根本原因。

如何使用Parquet

        Pandas实现了parquet的读写接口，可以直接读取和写入生成parquet文件。Pandas对parquet的接口相对简单，更多的功能需要去相应的引擎库中找到对应接口，具有丰富的功能。pandas对parquet接口的实现基于pyarrow引擎或者fastparquet，可以通过engine参数设置。博主安装的是pyarrow引擎，直接pip install pyarrow即可安装parquet引擎，然后便可以直接通过pandas的数据接口实现parquet的读写的，具体可以看pandas官方文档，见[2]。

        这里特别强调一下，对于pyarrow引擎，pandas的读写基于pyarrow的write_table、write_to_dataset和read_table实现，因此可以参考这两个接口，实现更多的功能，比如通过read_table的filters参数，实现读取过滤，该参数可以直接通过pandas的read_parquet函数传入。具体使用方法参见[1]。

Best Practice

1. 读取parquet文件时，虽然可以使用python通过open返回的fileobject对象，但是尽量避免使用，会显著的降低IO性能，直接使用字符路径即可。

2. Parquet读取文件时，需要先对数据进行解析，无法直接使用memory map，因此并没有明显的内存改善，但是在有些系统中可以提升性能。

3. Parquet利用字典编码和RLE提升性能，但是数据量太大，以及非重复值太多，导致字典太大，超出阈值，就会使得剩下的数据直接只用plain encoding，即对数据本身逐一的编码，没有字典和RLE的优化，这时就会导致读写性能降低，磁盘空间也无法节省。对此，可以通过write_table的dictionary_page_size参数提高字典大小的限制，或者降低row_group_size，从而降低column chunk，使得单个字典编码的数据量减少。

4. 由于metadata会保存每个column chunk的min max count属性，在读取时进行行过滤(predict)时，parquet通过metadata记录的这些信息预先判断相应的group中有无目标数据，若没有就直接跳过，都不需要解析扫描这些group，从而可以显著的提高性能。基于此特点，在写入数据时，就应该先对会被经常拿来过滤数据的column进行排序，排序后再保存，这样可以使得chunk的range更小，从而最大的减少被解析扫描的数据，提高读取性能。

5. 充分利用partition。parquet最好不要太大，对于大数据集，可以使用partition_cols，传入列名，就会对这个数据集根据指定的列进行拆分，比如指定日期date，就会根据日期，在指定的文件路径下生成多个名称为date=YYYY-mm-dd的文件夹，文件夹里面存放文件名不重复的md5码parquet文件，如果指定了多列，就会以嵌套文件夹的同样命名方式保存parquet文件。这样的文件结构成为parquet dataset，假设写入时的路径参数为/data/xxx，那么在/data/xxx下就会生成多个上述文件夹和文件，/data/xxx就称为一个parquet dataset。在读取时，同样只要传入/data/xxx即可，parquet会自动通过文件夹名称识别过滤相应的文件。因为文件被拆分，可以减少数据解析和扫描，以及metadata的缘故，dataset方式可以显著提升查询IO性能。但是同时要避免太多的小文件，小文件太多，拆分太随意，毕竟每个parquet具有必要的结构，创建每个文件都有最低的开销overhead，文件太多拆分太随意，反而会增加负担，降低性能。一般单个文件几十上百兆到1Gb以下都是没问题的，甚至dataset中文件不多的情况下，单个文件几个Gb对parquet来说也是绰绰有余的，当然具体也和硬件配置有关。

6. 对于partitioned dataset，在read的时候，其中用来分隔数据集的partition_cols会转为Arrow dictionary types (pandas categorical)，for some reasons，这会使得在读取时列不保序。因此对于partitioned dataset，不能预期保存和读取的数据行的顺序是一致的。如果要使得读取和保存的时候顺序一致，可以在保存数据的时候，设置数据的index为顺序索引，并设to_parquet的参数index=True，然后读取数据后，对读取后的dataframe的索引进行排序sort_index。

7. 对于pandas.DataFrame的object列，如果类型为object的列包含了np.nan值，那么parquet对于这种情况下的nan值的读写结果是不一样的。当将这种情况下的数据保存成parquet后，再读取成DataFrame后，之前的nan值会变成None，不再是nan，这点需要格外注意，因为变成None后，空值从float类型变成了None类型，可能在有些场景会不兼容（pandas对于把None也当中NaN处理，所以isna fillna等函数对None依然work），需要将None转回nan值才可。当然也可以将read_parquet的use_nullable_dtypes参数设为True，默认是False，这样会将缺失值用pd.NA替代，而不是None，但是风险在于这个参数只是实验性的，在pandas的后续版本可能随时会发生改变。

Reference

[1] Reading and Writing the Apache Parquet Format — Apache Arrow v9.0.0

[2] IO tools (text, CSV, HDF5, …) — pandas 1.5.0 documentation

[3] ​​​​​​https://www.youtube.com/watch?v=1j8SdS7s_NY&ab_channel=Databricks

[4] https://towardsdatascience.com/demystifying-the-parquet-file-format-13adb0206705