穆易青
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2022.09.17【读书笔记】丨生物信息学与功能基因组学（第十三章 蛋白质结构预测 下）

目录

  • 蛋白质结构预测
    • 三种方法
      • 同源建模(比较建模)
      • 穿线法
      • 从头预测（ab initio）
        • 基于假设
        • 推荐策略
    • 精度与方法选择
    • Alphafold2相关信息

蛋白质结构预测

三种方法

2022.09.17【读书笔记】丨生物信息学与功能基因组学（第十三章 蛋白质结构预测 下）_第1张图片

同源建模(比较建模)

建模4步骤
1.模板选择和确定折叠构象
通过blast或delta-blast搜索同源蛋白质序列或结构，识别保守和可变区域。
常用查询数据库:
PDB数据库：https://www.rcsb.org/
CATH：http://cathdb.info/
SCOP：https://scop.mrc-lmb.cam.ac.uk/

2.把目标蛋白质和模板蛋白质进行比对
一般序列一致性大于50%。或比对到序列区域足够长，说明这两个蛋白质可能有相似结构，精度较高。

3.建立结构模型
4.对结构模型进行评估
评估工具
VERIFY3D： http://nihserver.mbi.ucla.edu/Verify_3D/
PROCHECK：http://www.ebi.ac.uk/thornton-srv/software/PROCHECK/
CMBI-WHATIF：http://swift.cmbi.ru.nl/whatif/

在线建模服务网站
SWISSMODEL： http://swissmodel.expasy.org/
MODELLER： http://www.salilab.org/modeller/
PredictProtein： http://www.predictprotein.org/
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穿线法

输入的目标序列被打断成一个个片段，然后在一个已知折叠的模板库上进行“穿线”。打分函数会评估目标序列与已知结构之间的相容性。

从头预测（ab initio）

基于假设

氨基酸序列包含了关于蛋白质结构的所有信息；球蛋白会折叠成自由能最低的结构。

推荐策略

Rosetta

精度与方法选择

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Alphafold2相关信息

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