13 对发生拷贝数变异的基因进行 KEGG 注释

13 对发生拷贝数变异的基因进行 KEGG 注释

数据准备

首先还是同样的读入数据，进行一定的处理。我们同样用 VEP 注释后的 maf 文件，然后取出需要用到的几列

rm(list=ls())
options(stringsAsFactors = F)
library(dplyr)
library(stringr)
# 读入数据
laml = read.maf('./7.annotation/vep/VEP_merge.maf')
laml@data=laml@data[!grepl('^MT-',laml@data$Hugo_Symbol),] 
# 增加一列t_vaf，即肿瘤样本中突变位点的覆盖深度t_alt_count占测序覆盖深度t_depth的比值
laml@data$t_vaf = (laml@data$t_alt_count/laml@data$t_depth)
unique(laml@data$Tumor_Sample_Barcode)
getSampleSummary(laml) 
getGeneSummary(laml) 
getFields(laml)

mut = laml@data[laml@data$t_alt_count >= 5 &
                  laml@data$t_vaf >= 0.05, c("Hugo_Symbol",
                                             "Chromosome",
                                             "Start_Position",