近来在做染色体相关数据分析，参考一些文献后，准备安装breakdancer软件进行数据处理。
breakdancer软件软件主页非常简单，http://breakdancer.sourceforge.net/bam2cfg.html 不过从中至少可以找到下载地址。也可以使用github地址，https://github.com/genome/breakdancer。
在安装之前要确认集群是否具有cmake编译工具，没有的话要先装，可联系root权限。
下载：
git clone --recursive https://github.com/genome/breakdancer.git
cd breakdancer
mkdir build
cd build
编译并指定安装路径
cmake .. -DCMAKE_BUILD_TYPE=release -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/usr/local
make
make install.
到这里，需要注意的是要加入samtools到系统的环境变量中，方便调用。
至此，breakdancer-max可以使用
但是，通过学习说明书可以了解，运行breakdancer需要运行./breakdancer/perl/bam2cfg.pl 来构建对应cfg文件。由于我是非root用户，在安装过程中perl包不全，直接下载安装全局则需要root权限因此，运行bam2cfg.pl会出现报错，
./bam2cfg.pl
Can't locate Statistics/Descriptive.pm in @INC (@INC contains: /home/*/perl5/lib/perl5/5.16.3/x86_64-linux-thread-multi /home/*/perl5/lib/perl5/5.16.3 /home/*/perl5/lib/perl5/x86_64-linux-thread-multi /home/*/perl5/lib/perl5 /home/*/Downloads/orthomclSoftware-v2.0.9/lib/perl /usr/local/lib64/perl5 /usr/local/share/perl5 /usr/lib64/perl5/vendor_perl /usr/share/perl5/vendor_perl /usr/lib64/perl5 /usr/share/perl5 .) at ./bam2cfg.pl line 7.
BEGIN failed--compilation aborted at ./bam2cfg.pl line 7.
此时，非root用户下载并安装必要的perl包就很重要，参考，https://stackoverflow.com/questions/2980297/how-can-i-use-cpan-as-a-non-root-user，可以使非root用户安装perl包更便捷，且无需root权限。
具体命令：（具体命令含义可参考上述网页查询）
wget -O- http://cpanmin.us | perl - -l ~/perl5 App::cpanminus local::lib
eval `perl -I ~/perl5/lib/perl5 -Mlocal::lib`
echo 'eval `perl -I ~/perl5/lib/perl5 -Mlocal::lib`' >> ~/.profile
echo 'export MANPATH=$HOME/perl5/man:$MANPATH' >> ~/.profile
此处，~/.profile为一种类型，要看个人用户调整，可能是~/.bahsrc（本人）或者其他。
在进行过这一步骤后，运行，
cpanm Module::Name 例如，cpanm Statistics::Descriptive
此后，类似的困难按步骤继续装到最后，即可使用，