IGV-基因组浏览器-改造记录（二）

写在前面

还有两个小时....似乎还是有点紧张。想想，那就写写微信推文。
IGV改造系列，一直会继续，直到或许是我们觉得似乎没有改造的必要。
在前述的改造记录中（https://www.jianshu.com/p/7e90e454d487），我们主要是给IGV增加了一个ReadLen Track，这样就可以实时地查看任何区域的sRNA读段的丰度和分布情况，在鉴定PHAS和数据观察上，有较大的用处 。
但是很多时候，更多人关注的不是phasiRNA，而是miRNA，或者有一定二级结构的siRNA前体。
这个时候，查看IGV的同时，观察一些二级结果，显得尤为重要。

调整RegionOfInterest弹出菜单，增加RNAfold功能

直接从IGV内部启动RNAfold，只能修改源代码。大体我使用了三步完成这个事情：

1. 增加RNAfold调用源码
2. 修改菜单，并增加响应调用事件
3. 考虑正反链（一个是SenseFold，一个是AntisenseFold）

具体的使用比较简单，选定了感兴趣的区域之后，鼠标右击即可，

可以看到，已经增加了两个新的选项。
其中，SenseFold，是直接截取感兴趣的区域序列，进行RNAfold
而AntiSenseFold，则是截取后的区域序列，先做反向互补，随后再进行折叠

弹出的RNAfold窗口有较好的交互性

鼠标双击二级结构，即可调出菜单

直接在文本框中输入感兴趣的序列子串，
即可直接高亮出对应的碱基

对于选中的碱基，可以直接修改其一些特征，比如填充颜色

当然，还有其他功能....感兴趣的可以自行摸索

IGV与RNAfold窗口的动态交互

IGV可以显示测序数据在基因组上的覆盖情况和相关的详细信息，而RNAfold窗口，则展示对应区域的二级结构，结合两者分析，可以更好地发现一些东西

大体的使用是，fold的时候

当鼠标位于IGV的某个碱基位置时，RNAfold窗口会实时高亮出对应的碱基

如此，我们可以更好的观察到
每个碱基所在的二级结构位置和该位点的覆盖深度

写在后面

更多的观察数据，可以发现更多的生物信息。
数据的敏感度很重要，而工具也很重要。
顺手的工具，常常对应适合的方法。
OK....提前祝大家新年快乐.....