云若蓝
云若蓝

2020-12-07 从叶绿体基因组序列到ASTRAL物种树

背景

orthfinder和直系同源基因介绍

生信基因功能分析工具：Orthofinder使用教程

OrthoFinder寻找同源基因并建树（1）

OrthoFinder寻找同源基因并建树（2）

物种进化树构建

OrthoFinder寻找同源基因并建树

「基因组学」使用OrthoFinder进行直系同源基因分析

如何轻松构建物种系统发育树

ASTRAL和物种树介绍

2019-05-21-多基因联合建树软件astral方法

多个单基因进化树整合成一个进化树

想法

结合我现在已有的CPgenome数据来构建物种树，有两个想法：

①序列（getorganelle）→注释（PGA）→从GB文件提取COD序列→翻译成蛋白质→格式整理后运行orthofinder→easyspeciestree

这想法有个问题，我使用检测同源序列的orthfinder软件是否合理？

②序列（getorganelle）→注释（PGA）→phylosuite构建每个基因的IQtree→整合为一个tre文件→Astral


另

请教李老师后发现

The normalized quartet score (proportion of input gene tree quartet trees satisfied by the species tree). This is a number between zero and one; the higher this number, the less discordant your gene trees are.

指的是quartet score越大，不一致性越低！

如下

quartet score

附

Astral的输出结果部分的说明文档

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