1. 在TCGA中找到并下载意向数据

听说过别人用生信分析“空手套白狼”的故事吧_想做吗好想学哦~
或多或少都知道GEO和TCGA这些公共数据库吧！那么你知道怎么在数据库上找到意向数据，并且成功下载呢？这第一步要难倒一大票人。

1. TCGA，The Cancer Genome Atlas

首先使用谷歌（海外）或必应（境内）搜索TCGA大家都知道，看到以下界面点进去

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点进去后发现一堆官网介绍，简单查看每个小标签后并未找到数据下载的地方。当然啦，作为这么大一个项目，不可能仅用于数据下载，相应的首页应该会大量关于该项目的介绍、前景等等。耐心往下滑就会看到Access to TCGA data，这就是我们在什么都不知道的情况下，找到TCGA数据库的入口了。当然如果已知的话，就会知道搜索TCGA GDC了

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Access to TCGA data

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2. TCGA Genomic Data Commons Data Portal，TCGA GDC

2.1 把小手手悬停在选项卡上，可看到功能简介，当我们找到repository，就知道这是数据的储藏室了。

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2.2 经过一系列参数设定后，选定要下载的数据，并加入到购物车中。

data

2.3 how to download data？

进入购物车界面后发现，哇~这些这些我都想要呢！但是怎么下载呢？一般来说如此大的项目会有官方说明，甚至TCGA还有自己专用的数据下载软件，具体请点击[GDC Data Transfer Tool]继续学习。

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2.4 download data by GDC-Client

由于数据非常大，TCGA项目开发了高速且稳定的数据下载工具：GDC-client。在[GDC Data Transfer Tool]界面中会看到相关解释和客户端下载链接。

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根据GDC data transfer tool的用户指导学习下载数据：点进用户指引后快速找到download选项卡，可以看到GDC data transfer tool有两种方式下载数据，具体user guide里面写得非常清楚了，这里及不再说明。

GDC user guide

本人选择方法1：Obtaining a Manifest File for Data Download
准备工作下载完毕

prepare

那么问题又来了，准备工作完毕，还是不知道如何下载数据呀？如果心里有此疑问，说明没有好好看完用户指南哦：用户指南中真的是一字一句的讲清楚如何下载数据并且已经提供了代码。
可能还会有疑问，这说明里面提到的是OS系统的下载方法，我大window怎么办呢？其实，window也可以打代码的，具体请学习Git Bash。当然如果不知道Git Bash，只要你发散想象力去思考，凭啥OS有，window就没有呢？那Windows到底有没有呢，这么一阵查下来也会查得到。总之无论如何，搜索大发好呀！但是很浪费时间也是真的了，干脆报个班算了。

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代码解析如下

gdc-client download -m  /Users/JohnDoe/Downloads/gdc_manifest_6746fe840d924cf623b4634b5ec6c630bd4c06b5.txt

##  gdc-client download 使用GDC-client客户端下载
## -m 通过manifest文件下载
## 紧接着附上manifest文件的位置，在这里给的示例是/Users/John....

## 可改进如下
gdc-client download -m  /Users/JohnDoe/Downloads/gdc_manifest_6746fe840d924cf623b4634b5ec6c630bd4c06b5.txt  ./ 

gdc-client download -m  /Users/JohnDoe/Downloads/gdc_manifest_6746fe840d924cf623b4634b5ec6c630bd4c06b5.txt  -d filename

## 代码后面加./表示保存在当前路径，也可另外创建文件夹，保存在特定路径之下

对gdc-client使用方法有疑问？都没关系，只要学会查看软件说明书，通常是加 -h, --h, -help等相应代码，例如在这里是gdc-client -h。当然这个说明书也会有一级菜单和二级菜单，想要更详细操作就应该要打开二级菜单。比如我们通过gdc-client -h知道了这个软件拥有download数据的功能，那么download命令到底如何设置，我们则可以打开二级菜单gdc-client download -h

一阵骚操作后，可以看到前面所选的1222个file在这边全部都下载成功了，开心~

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