ImageGP/BIC无代码绘制差异基因火山图

无代码绘制差异基因火山图

Volcano plot | 别再问我这为什么是火山图 一文解释了火山图如何解读。不太难看懂，而一旦看懂了，图也就知道怎么绘制了。

假设我们已经有了一个差异基因鉴定后的表格文件 590e7b6b-c279-40da-b1d2-1017464cea02.untrt.vs.trt.results.txt (看到这一串无规律的符号做文件名就知道这是我们平台输出的差异分析结果了，之前介绍过可以翻一翻)，那怎么绘制火山图呢？

上传文件

首先注册个账户。这里不是强制大家注册，只是火山图文件一般比较大，直接粘贴进文本框会导致浏览器卡顿，为了更好的用户体验，建议注册个账户，在个人中心上传 (支持断点续传，大文件也不怕)。如果想直接粘贴，也没问题。

绘制火山图

进入到火山图绘制页面http://www.ehbio.com/Cloud_Platform/front/#/analysis?page=b%27Nw%3D%3D%27。

1. Input way选择Select uploaded file；

2. 选择上传的文件，如果没找到，则刷新下页面再重复此操作。

选择的文件会在文本域中显示预览（不可修改，但可以复制），点击Check Data，核对数据格式没有问题，会激活下方的必选选项。

选择对应的列进行绘制，绘图就是把数据的结构用几何形状表示出来，并用颜色、大小等代表特定的属性展示。

1. 从下拉框选择log2FoldChange 指定为 Fold change column；

   为什么选这一列，因为这个参数值跟参数名字太像了；

2. 从下拉框选择padj 指定为 Statistical significance column；

   为什么选这一列，因为pval和padj都是统计显著性的指示指标，为了解决总被审稿人提起的多重假设检验校正是什么？，我们选padj列；

3. padj列数值没有进行过转换，这里选择Log10 transform significance value。

   Padj越小转换后的值越大，越在图的上方;

4. Gene expression change status variable这是一个可选参数，是说文件中是否已经根据某个阈值做了差异基因标记，哪些上调了，哪些下调了，就是这里面的level列，我们选择上；

5. 如果之前没做过筛选，没有level列也没关系，DE genes filtering threshold参数可以设置筛选阈值，默认为0.05,1，第一个数字0.05表示统计pvalue<0.05或padj<0.05 (取决于Statistical significance column的选择)；第二个数字1表示变化倍数，变化倍数取完log2后的绝对值大于1。

点击提交，出来一个结果; 颜色不对，需要调整下。

先设置下level变量的顺序，然后按顺序设置颜色

1. Status variable order依次选择下拉内容为trt up, untrt UP, NoDiff;

2. Customized point colors用颜色选择器选择3个颜色

提交后获得结果，正确了，可以下载PDF格式和相关的R代码

上图中的两条垂直虚线和一条水平虚线是参数DE genes filtering threshold控制的，如果你筛选差异基因的标准(生成level列中哪些上调、哪些下调的标准)不是默认标志，则需要修改这个值为你设置的阈值，从而调整线的位置。

也可以设置参数Coordinate flip旋转火山图。

用的不多，但有用户提过这个需求，就加上了。

另外一个常见需求是在火山图上标记基因，现在的策略是要在数据表中加一列，不太方便，回头更新一版新的处理方式再介绍。

如果你想了解哪个图的绘制，请留言告诉我们，我们优先推出教程。

测试数据获取：https://gitee.com/ct5869/bic

点击阅读原文访问网站

往期精品(点击图片直达文字对应教程)

机器学习

后台回复“生信宝典福利第一波”或点击阅读原文获取教程合集